公司用微信转账罚款是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与罚款主体不适格
《中华人民共和国行政处罚法》：该法明确规定，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。企业，作为非行政机关，并不具备对员工进行罚款的法定权力。罚款是行政处罚的一种形式，其行使主体必须严格限定在具有行政处罚权的行政机关范围内。
罚款主体不适格的法律后果：由于企业不具备罚款的法定权力，因此其通过微信转账等方式对员工进行罚款的行为，在法律上是不被认可的。这种行为可能构成对员工权益的侵犯，员工有权对此提出异议并寻求法律救济。
二、罚款程序与赔偿责任的区分
《工资支付暂行规定》：该规定第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但这里的“赔偿”与“罚款”性质截然不同。赔偿是基于员工给用人单位造成的实际损失而进行的补偿，而罚款则是对员工行为的一种惩戒措施。
赔偿责任的合法程序：即使员工需要承担赔偿责任，用人单位也应通过合法途径进行，如从工资中扣除赔偿金额，但需遵循一定条件和程序，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
微信转账罚款的程序违法性：使用微信转账进行罚款，既缺乏法律依据，也违反了法定程序。这种方式缺乏正式性和可追溯性，其记录可能难以作为有效的法律证据。在发生争议时，双方可能难以就转账的性质（是罚款还是其他款项）达成一致。
三、微信转账作为罚款方式的违法性与员工权益保护
侵犯员工权益：使用微信转账进行罚款，可能让员工感到自己的权益受到侵犯。因为这种方式缺乏透明度和公正性，容易引发员工的不满和抵触情绪。员工有权要求用人单位以合法、公正的方式处理其违纪行为或造成的损失。
法律建议：对于用人单位而言，应严格遵守法律法规，不得擅自对员工进行罚款。如员工存在违纪行为或给用人单位造成损失，应通过合法途径进行追偿或处理，如依据劳动合同约定要求员工承担赔偿责任、通过协商或调解解决争议等。
员工应对措施：对于员工而言，如遇到用人单位通过微信转账等方式进行罚款的情况，应坚决拒绝并保留相关证据。同时，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司用微信转账罚款是不合法的。用人单位应严格遵守法律法规，不得擅自对员工进行罚款；员工也应了解自己的权益并积极维护。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。