结论：分公司占三分之二表决权的股东一般不能直接决定注销分公司，分公司的注销通常需由总公司决策并履行相应程序。以下从不同角度进行详细分析：

一、分公司法律地位与决策机制

分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，分公司的设立、变更、注销等重大事项，通常需由总公司决策并履行相应程序，而非由分公司股东直接决定。

二、股东表决权与分公司注销

1. 股东表决权的作用范围：

   • 股东表决权通常用于决定公司内部的重大事项，如选举董事、审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案等。然而，这些事项主要限于公司内部治理范畴，并不直接涉及分公司的注销。

2. 分公司注销的决策主体：

   • 分公司的注销属于公司外部行为，涉及公司结构的重大变更，通常需由总公司董事会或股东会（根据总公司章程规定）作出决议，并履行相应的工商注销登记程序。

三、特殊情况下的考虑

1. 总公司授权：

   • 如果总公司通过章程或股东会决议等方式，特别授权分公司股东在特定条件下决定分公司的注销，那么在这种情况下，分公司占三分之二表决权的股东可能根据授权决定注销分公司。但这种情况较为罕见，且需严格遵循总公司的授权范围和程序。

2. 分公司独立核算与自主经营：

   • 即使分公司实行独立核算和自主经营，其法律地位仍然属于总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。因此，分公司的注销仍需由总公司决策并履行相应程序。

四、法律建议

1. 查阅总公司章程：

   • 建议查阅总公司的章程，了解关于分公司注销的决策程序和规定。如果总公司章程中有特别规定，应遵循章程规定执行。

2. 咨询总公司意见：

   • 在考虑注销分公司之前，建议与总公司进行充分沟通，了解总公司的意见和决策程序。确保注销行为符合总公司的整体战略和利益。

3. 履行法定程序：

   • 如果决定注销分公司，应确保按照相关法律法规和工商部门的要求，履行相应的注销登记程序。包括但不限于清算、公告、注销登记等步骤。

总结：分公司占三分之二表决权的股东一般不能直接决定注销分公司。分公司的注销通常需由总公司决策并履行相应程序。在考虑注销分公司时，建议查阅总公司章程、咨询总公司意见，并确保履行法定程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。