违法运输的运费通常会被认定为违法所得，应当依法予以没收或追缴，关于其退还问题，需根据具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
一、违法所得的认定
在交通运输领域，违法运输通常指的是未经许可擅自从事道路运输经营、超载超限运输、使用不合格车辆运输等违法行为。这些行为不仅违反了相关法律法规，也损害了公共利益和市场秩序。违法运输过程中产生的运费，由于是基于违法行为而获得的收益，因此通常会被认定为违法所得。
二、违法所得的处理方式
没收：根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定，对于违法所得，行政机关有权依法予以没收。没收违法所得是行政机关对违法行为人的一种经济制裁方式，旨在剥夺其因违法行为而获得的利益，从而维护法律的尊严和公共利益。
追缴：在某些情况下，如果违法所得已经被违法行为人转移或隐匿，行政机关还可以依法进行追缴。追缴的目的是确保违法所得能够被全部收回，防止违法行为人逃避法律制裁。
三、关于运费退还的问题
一般情况下不予退还：由于违法运输的运费属于违法所得，因此一般情况下是不会退还给违法行为人的。这是因为退还运费相当于承认了违法行为的合法性，与法律的原则和精神相悖。
特殊情况下的考虑：虽然一般情况下运费不予退还，但在某些特殊情况下，如违法行为人能够证明其运费是合法来源、且未因违法行为而获得额外利益时，行政机关可能会根据具体情况进行考虑。然而，这种情况非常罕见，且需要违法行为人提供充分的证据来支持其主张。
四、法律建议
遵守法律法规：作为交通运输从业者，应当严格遵守相关法律法规的规定，不得从事违法运输行为。只有合法经营，才能确保自身的权益不受侵害。
积极配合调查：如果因违法运输行为而受到行政机关的调查或处罚，应当积极配合调查工作，如实陈述事实、提供证据。这有助于行政机关查明事实真相，依法作出公正的处理决定。
寻求法律帮助：如果对行政机关的处理决定有异议或认为自身权益受到侵害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自身合法权益。
总结来说，违法运输的运费通常会被认定为违法所得并依法予以没收或追缴，一般情况下是不会退还给违法行为人的。因此，我建议你严格遵守相关法律法规的规定，合法经营，避免涉及违法运输行为。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。