结论前置：若在信用卡恶意透支判决前已还款，一般情况下，已还款部分将不再作为恶意透支的金额来认定，但具体还需结合还款时间、还款金额以及案件具体情况来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、还款时间对案件的影响
在公安机关立案前还款：
- 如果在公安机关对信用卡恶意透支行为立案前，持卡人已经全额或部分偿还了透支款项，这通常会被视为持卡人有还款意愿，且已实际履行了还款义务。
- 在这种情况下，公安机关可能会根据具体情况，决定是否对持卡人进行刑事立案。如果已立案，但持卡人已还款，且情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的，公安机关可能会撤销案件。
在公安机关立案后至法院判决前还款：
- 如果在公安机关立案后，持卡人才进行还款，虽然这表明持卡人有一定的还款意愿，但已经构成了信用卡恶意透支的违法行为，公安机关仍会继续侦查，并将案件移送检察院审查起诉。
- 在法院审理阶段，持卡人已还款的事实会作为量刑情节考虑，可能减轻或免除刑事处罚，但已构成的犯罪事实不会因还款而消除。
二、还款金额对案件的影响
全额还款：
- 如果持卡人全额偿还了透支款项，这通常会被视为持卡人积极纠正错误，有悔罪表现。
- 在量刑时，法院可能会考虑这一情节，对持卡人从轻或减轻处罚，甚至有可能免除刑事处罚。
部分还款：
- 如果持卡人只偿还了部分透支款项，剩余部分仍未偿还，这可能会被视为持卡人还款意愿不强，或经济能力有限。
- 在这种情况下，法院在量刑时可能会综合考虑持卡人的还款情况、恶意透支的情节严重程度等因素，来决定是否对持卡人从轻或减轻处罚。
三、案件具体情况的综合判断
- 除了还款时间和还款金额外，法院还会综合考虑其他因素，如持卡人的恶意透支情节是否严重、是否多次恶意透支、是否逃避银行催收等。
- 如果持卡人的恶意透支情节显著轻微，且已全额或大部分偿还了透支款项，法院可能会认为持卡人不构成犯罪，或者构成犯罪但情节轻微，不需要判处刑罚。
- 如果持卡人的恶意透支情节严重，且只偿还了部分透支款项，法院可能会认为持卡人构成犯罪，并依法判处相应的刑罚。
四、法律建议
- 及时还款：如果发现自己有信用卡恶意透支的行为，应尽快还款，以减轻或避免法律责任。
- 保留证据：还款后，应保留好还款凭证，如转账记录、收据等，以备不时之需。
- 咨询律师：如果面临信用卡恶意透支的指控，建议及时咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能的法律后果。
最后，信用卡恶意透支是一种违法行为，不仅会影响个人信用记录，还可能面临刑事处罚。因此，建议持卡人合理使用信用卡，避免恶意透支行为的发生。如果您有更多关于信用卡纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。