公司由控股的企业出资时，公司章程通常由公司的设立发起人或者股东签字。具体来说：

1. 设立发起人签字：

   • 在公司设立阶段，如果是由控股企业作为主发起人设立新公司，那么公司章程通常需要由该控股企业作为设立发起人的代表签字。此时，控股企业作为主要的出资方和发起人，其签字代表了对公司章程的认可和承诺。

2. 股东签字：

   • 如果公司已经成立，后续由控股企业增资或者通过其他方式成为控股股东，那么在公司章程的修改或者重新制定过程中，通常需要由全体股东或者按照公司章程规定的程序由特定比例的股东签字。这是为了确保公司章程的修改或重新制定得到了公司股东的认可和同意。

在签字过程中，还需要注意以下几点：

• 签字形式的合法性：签字应当采用书面形式，并且需要符合相关法律法规对于签字形式的要求，如亲笔签名、电子签名等。
• 签字代表的授权：如果是由代表签字，需要确保该代表具有合法的授权，能够代表控股企业或者股东进行签字。
• 公司章程的备案：公司章程签字完成后，通常需要按照相关法律法规的规定进行备案，以确保公司章程的合法性和有效性。

综上所述，公司由控股的企业出资时，公司章程的签字方通常为公司的设立发起人或者股东，具体签字方和签字程序可能因公司设立和运营的具体情况而有所不同。如果你在这方面有具体的法律问题或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。