结论前置：保密协议中要求员工遵守公司所有的成文的或者不成文的规章制度，这一条款的合法性需分情况讨论，若规章制度本身合法且经过民主程序制定、公示，则该条款合法；若规章制度存在违法内容或制定程序不合法，则该条款可能不合法。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性的前提条件
规章制度内容的合法性：
- 公司规章制度的内容必须符合国家法律法规的规定，不得与法律、行政法规相抵触。例如，规章制度中不得包含歧视性条款、侵犯员工合法权益的条款等。
- 若规章制度中存在违法内容，则该规章制度无效，保密协议中要求员工遵守该规章制度的条款也可能因此无效。
规章制度的制定程序：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规的规定，公司制定规章制度应当经过民主程序，即应当与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，公司还应当将其公示或者告知员工，确保员工知晓并遵守。
- 若规章制度未经民主程序制定或未公示告知员工，则该规章制度可能不被认定为有效，保密协议中要求员工遵守该规章制度的条款也可能因此受到影响。
二、保密协议中相关条款的合法性分析
若规章制度合法且制定程序正当：
- 在此情况下，保密协议中要求员工遵守公司所有的成文的或者不成文的规章制度，可以视为对员工遵守公司合法规章制度的一种强调或重申。
- 该条款本身并不违反法律法规的规定，因此是合法的。员工应当遵守公司的合法规章制度，包括保密协议中的相关要求。
若规章制度存在违法内容或制定程序不合法：
- 在此情况下，保密协议中要求员工遵守该规章制度的条款可能因规章制度本身的无效而无效。
- 员工有权拒绝遵守违法的规章制度，且该拒绝行为不构成违约或违反保密协议。若公司因此追究员工的责任，员工可以依法维护自己的合法权益。
三、实际操作中的建议
对于公司而言：
- 在制定保密协议时，应确保其中要求员工遵守的规章制度是合法且经过民主程序制定、公示的。
- 定期对规章制度进行审查和更新，确保其符合法律法规的规定和公司的实际情况。
对于员工而言：
- 在签署保密协议前，应仔细阅读协议中的条款，特别是关于遵守公司规章制度的部分。
- 若对规章制度的内容或制定程序存在疑问，应及时向公司提出并寻求解答。
- 若发现规章制度存在违法内容或制定程序不合法，有权拒绝遵守并依法维护自己的合法权益。
最后，保密协议中要求员工遵守公司所有的成文的或者不成文的规章制度的合法性取决于规章制度本身的合法性和制定程序的正当性。若您在签署或执行保密协议过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。