在教育机构侵权案件中，学校主要责任和次要责任的赔偿方式主要依据责任比例来确定，具体赔偿金额和方式需结合实际情况和法律规定进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、责任比例的确定
主要责任与次要责任的划分：
- 在教育机构侵权案件中，学校的主要责任通常指的是学校因未尽到教育、管理职责，导致学生受到伤害，应承担较大的赔偿责任。
- 次要责任则可能指的是学生自身、其他学生或第三方（如校外人员）对伤害的发生也有一定过错，应承担较小的赔偿责任。
- 责任比例的划分通常由法院根据案件事实、各方过错程度等因素综合判断确定。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百条：“限制民事行为能力人在学校或者其他教育机构学习、生活期间受到人身损害，学校或者其他教育机构未尽到教育、管理职责的，应当承担侵权责任。”
- 若涉及多方责任，法院会依据《中华人民共和国民法典》中关于共同侵权或按份责任的相关规定，来确定各方的责任比例。
二、赔偿方式的确定
主要责任的赔偿：
- 学校作为主要责任方，通常需要承担大部分的赔偿责任，包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入（若涉及学生家长误工）。
- 若造成残疾，还应赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；若造成死亡，还应赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
次要责任的赔偿：
- 次要责任方（如学生自身、其他学生或第三方）根据其过错程度，承担相应的赔偿责任。
- 赔偿范围同样包括上述因伤害产生的合理费用，但赔偿比例会相对较低。
赔偿方式的计算：
- 赔偿金额的具体计算需依据实际损失、责任比例以及相关法律规定进行。
- 例如，若总损失为100万元，学校承担70%的主要责任，则学校需赔偿70万元；若另一方承担30%的次要责任，则需赔偿30万元。
- 计算公式：\(赔偿金额 = 总损失 \times 责任比例\)
三、特殊情况下的赔偿
学校已尽到管理职责：
- 若学校能够证明已尽到教育、管理职责，不承担侵权责任。但此情况下，若存在其他责任方，仍需由其他责任方承担相应赔偿责任。
学生自身过错：
- 若学生自身存在过错（如故意挑衅、违反校规等），且该过错与伤害的发生有直接因果关系，则学生自身可能需承担一定比例的责任。
第三方侵权：
- 若伤害是由校外人员等第三方造成的，且学校已尽到管理职责，则由第三方承担侵权责任。学校在此情况下不承担赔偿责任，但可能需承担一定的补充责任（如协助追偿等）。
四、法律建议
及时收集证据：
- 在发生教育机构侵权案件后，应及时收集相关证据（如医疗记录、监控视频、证人证言等），以证明各方的过错程度和责任比例。
协商与诉讼：
- 各方可尝试通过协商方式解决赔偿问题，若协商不成，可向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律作出判决。
咨询专业律师：
- 在处理此类案件时，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为彭卓君律师，我擅长处理刑事辩护、律师会见、经济纠纷、交通事故、侵权纠纷、婚姻家庭等领域的问题，您可以直接向我咨询相关法律问题。
综上所述，教育机构侵权案件中学校主要责任和次要责任的赔偿方式需依据责任比例、实际损失以及相关法律规定进行综合判断。在处理此类案件时，建议及时收集证据、尝试协商解决，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。