结论：员工举报公司违法行为，一般不受保密协议的约束。保密协议不能成为阻止员工依法举报违法行为的屏障，法律鼓励和保护公民对违法行为的举报权利。

详细分析：

1. 保密协议的本质与范围：

   • 保密协议是公司与员工之间就特定商业秘密、敏感信息等达成的保密约定，旨在保护这些信息不被非法泄露。然而，这种保密义务并非绝对，它不能对抗法律赋予公民的举报权利。

2. 举报权利的法律依据：

   • 根据相关法律法规，公民、员工等享有对违法犯罪行为的举报权利。这是维护社会公平正义、打击违法违规行为的重要手段。当公司存在违法行为时，员工有权向相关部门进行举报，这是其法律义务，也是社会责任感的表现。

3. 保密协议与举报权利的冲突与协调：

   • 在实际操作中，保密协议与举报权利可能产生冲突。但法律优先保护的是公民的举报权利和社会公共利益。即使员工与公司签订了保密协议，若公司存在违法行为，员工依然可以依法进行举报，且不会因保密协议而受到限制。

4. 举报时的注意事项：

   • 员工在举报时，应确保举报内容基于事实，真实可靠，并在合理合法的框架内进行。同时，应尽量提供确凿的证据来支持举报，以提高举报的可信度和成功率。
   • 在举报过程中，员工可以寻求法律支持，了解具体的法律程序和注意事项，以确保举报行为符合法律要求，并最大程度地保护自己的合法权益。例如，员工可以向我咨询具体的法律程序和注意事项。

5. 举报的法律保护：

   • 法律鼓励和保护公民的举报权利，特别是涉及公共利益、国家安全或严重违法行为的举报。举报人在依法举报的过程中，其合法权益受到法律的保护，任何单位或个人不得因举报而对其进行打击报复。

法律建议：

• 若员工发现公司存在违法行为，应勇敢站出来，依法向有关部门进行举报。在举报前，员工可以收集相关证据，确保举报内容的真实性和可靠性。
• 在举报过程中，员工应遵守法律法规，不得捏造事实或诬告陷害他人。同时，员工可以寻求法律支持，了解具体的法律程序和注意事项，以确保自己的合法权益得到保护。
• 若员工因举报而受到公司的打击报复，如解雇、降薪等，员工可以依法向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，员工举报公司违法行为一般不受保密协议的约束。在发现公司存在违法行为时，员工应依法进行举报，并注重保护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。