司机运输黑土可能面临行政处罚，情节严重的可能构成犯罪，需承担刑事责任。具体处理方式需结合运输黑土的性质、数量、用途及主观故意等因素综合判断，以下是详细分析：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国土壤污染防治法》及《黑龙江省黑土地保护利用条例》等规定，非法采集、运输黑土（包括盗挖、滥挖、非法买卖等行为），由县级以上政府自然资源、农业农村等部门责令改正，没收违法所得，并处每立方米五百元至两千元罚款；情节严重的（如多次违法、数量巨大），可处每立方米两千元至一万元罚款。若司机受雇于他人运输黑土，虽可能不直接承担行政处罚，但需配合调查，提供雇主信息等证据。

2. 刑事责任层面
   若运输的黑土涉及盗挖、滥挖黑土资源，且数量达到刑事立案标准（如盗挖黑土价值超过5000元或造成严重生态破坏），司机可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪或盗窃罪（视黑土性质而定）。若司机明知雇主从事非法采挖黑土行为仍提供运输帮助，可能被认定为共同犯罪，需承担相应刑事责任。

3. 特殊情形处理

   • 合法运输：若司机运输的黑土系经合法审批（如农业项目用土、科研用途等），需携带审批文件、运输合同等证明材料，避免被误认为非法运输。
     
   • 不知情情形：若司机能证明对运输黑土的非法性不知情（如雇主隐瞒用途），可能减轻或免除行政处罚，但需提供证据（如聊天记录、雇主承诺等）。
     

建议：司机在运输前务必核实黑土来源及合法性，要求雇主提供审批文件；若发现非法采挖行为，应立即拒绝运输并向相关部门举报。若已涉及违法，建议主动配合调查，争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。