企业注册地址变更后发现有违法行为，一般应由违法行为发生地的市场监督管理部门（或原登记机关，视具体情况而定）处理，若涉及其他专项违法行为的，则可能由对应的专项监管部门处理。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般违法行为处理部门
市场监督管理部门：企业注册地址变更后，若发现企业在原注册地址或新注册地址存在如虚假注册、超范围经营等一般违法行为，通常由违法行为发生地的市场监督管理部门负责处理。这是因为市场监督管理部门是负责企业登记注册、市场监管等职责的主要部门，对于企业的违法行为具有直接的监管和处罚权。
原登记机关：在某些情况下，如果违法行为与企业的注册登记行为紧密相关，如注册地址变更未按规定办理变更登记等，原登记机关（即企业原注册地的市场监督管理部门）也可能介入处理。这是因为原登记机关对于企业的注册登记行为具有直接的审查和管理职责。
二、专项违法行为处理部门
若企业注册地址变更后发现的违法行为涉及特定领域或专项监管，如税务、环保、消防等，则可能由对应的专项监管部门负责处理。例如：
税务部门：如果企业存在偷税漏税等税务违法行为，税务部门将依法进行税务稽查和处罚。
环保部门：如果企业存在环境污染等违法行为，环保部门将依法进行环境监管和处罚。
消防部门：如果企业存在消防安全隐患或违法行为，消防部门将依法进行消防检查和处罚。
三、处理流程与建议
发现违法行为：企业或相关方在发现违法行为后，应及时收集证据，如相关文件、照片、视频等，以便后续向相关部门举报或投诉。
确定处理部门：根据违法行为的性质和涉及领域，确定具体的处理部门。如果不确定，可以先向当地的市场监督管理部门咨询或举报，由其根据情况转交或协调其他部门处理。
提交举报或投诉材料：向确定的处理部门提交举报或投诉材料，包括违法行为的详细情况、证据材料等。
配合调查与处理：在相关部门进行调查和处理过程中，企业应积极配合，提供必要的协助和信息。
法律后果与应对：企业应认识到违法行为的严重性，并积极采取措施进行整改和纠正。如果面临处罚，应依法接受并履行处罚决定，同时可以考虑通过法律途径维护自身合法权益。
温馨提示：企业在运营过程中应严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营。如果遇到法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。