当两个公司合并时，土地使用权的处理确实是一个核心且复杂的问题，需要严格遵循相关法律法规来操作。以下是我为您详细梳理的公司合并时土地使用权处理的几个关键方面：
一、土地使用权权属变更
吸收合并情况：
- 在吸收合并中，被吸收公司的土地使用权将由吸收公司承继。这意味着吸收公司将获得被吸收公司土地的所有权和使用权。
- 变更程序上，需要向土地管理部门提交合并协议、公司变更登记文件等必要材料，以办理土地使用权变更登记手续，确保权属的合法转移。
新设合并情况：
- 在新设合并中，原公司的土地使用权将统一转移至新设公司名下。新设公司将作为新的法律主体拥有这些土地的使用权。
- 办理过程中，需要提交新设公司的设立登记文件、合并协议及原公司土地使用权证书等材料，以完成土地使用权的转移登记。
二、土地使用权资产评估与登记
- 在合并前，必须明确土地使用权是否属于公司资产，并进行专业的资产评估，以确定其市场价值。
- 合并后，该土地使用权应作为合并后公司的一项重要资产进行登记和管理，确保资产的清晰和可追溯性。
三、可能涉及的税费问题
- 契税：根据相关规定，如果原投资主体在合并后仍然存续，那么合并后公司承受原合并各方的土地、房屋权属时，可以免征契税。
- 增值税：在资产重组过程中，涉及的不动产、土地使用权转让行为通常不征收增值税，这有助于降低合并成本。
- 土地增值税：在企业兼并中，如果被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，可以暂免征收土地增值税，这也是一项税收优惠政策。
四、土地使用权有抵押等他项权利的情况
- 通知抵押权人：如果合并前土地使用权已经设定了抵押，那么在合并过程中必须及时通知抵押权人，确保其知情权。
- 获得抵押权人同意：可能需要获得抵押权人的书面同意，或者提前清偿债务、提供其他担保措施，以解除抵押后再进行土地使用权的转移。
- 其他他项权利处理：如地役权等，也需要按照法律规定和合同约定进行妥善处理，确保合并后土地使用权的无瑕疵。
五、土地使用权的其他处理方式
- 土地使用权转让：如果合并后公司不再需要某块土地，或者根据合并协议需要转让土地使用权，那么应依法签订转让合同并办理转让手续。
- 土地使用权续期：如果土地使用权即将到期，合并后的公司应考虑是否需要续期，并按规定办理续期手续，以确保土地使用权的连续性。
- 土地使用权抵押或出租：如果合并后的公司需要将土地使用权用于抵押或出租，那么应依法办理相关手续，并确保符合法律法规要求，避免法律风险。
总结与建议：
公司合并时土地使用权的处理需要谨慎对待，必须遵循相关法律法规和政策要求。在处理过程中，应充分考虑合并双方的利益和需求，确保土地使用权权属清晰、无争议。如果涉及复杂的法律问题或不确定之处，建议咨询专业律师或相关部门以获取准确的法律意见和指导。这样可以确保合并过程的合法性和有效性，避免引发法律纠纷和风险。