在行政诉讼的二审程序中，行政机关一般不能提交新证据，但在特定情况下可以提交。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况

根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，被告（即行政机关）应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件。这意味着，在行政诉讼的一审阶段，行政机关应当完成证据的收集和提交工作。进入二审程序后，原则上不再接受新的证据，这是为了维护诉讼的公正性和效率性，确保双方当事人在一审阶段已经充分举证和质证。

二、特殊情况

然而，也存在一些特殊情况，允许行政机关在二审中提交证据：

1. 原告或第三人提出新的事实、理由或证据：

   • 如果在一审程序中，原告或第三人提出了其在行政处理程序中没有提出的理由或者证据，经人民法院准许，被告可以补充证据。同样地，如果原告或者第三人在第二审程序中提出了新的证据，二审法院也可能要求行政机关针对这些新证据进行答辩并提交相关证据材料。

2. 一审未收集的证据：

   • 根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》，如果被告在第一审程序中无正当理由未提供而在第二审程序中提供的证据，不能作为认定被诉具体行政行为合法的依据。但是，如果这些证据是在第一审程序中因客观原因无法收集的，且该证据对案件事实的认定有重大影响，二审法院可能会考虑采纳。不过，这种情况需要严格审查，确保行政机关不是故意拖延举证。例如，因自然灾害导致证据材料毁损，无法及时提供，但在二审期间能够恢复的，可能被视为客观原因无法收集。

3. 其他法定情形：

   • 在某些特定情况下，如涉及国家利益、公共利益或他人合法权益的事实认定的，或者涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等程序性事项的，二审法院也可能要求行政机关提供相关证据。

三、提交新证据的程序要求

如果行政机关需要在二审中提交新证据，应当遵循以下程序要求：

1. 证据的形式要求：提交的证据必须是原件或经核对无误的复印件、复制件，以确保其真实性。

2. 证据链的完整性：应提供完整的证据链，以证明证据的真实性和关联性，增强其在法庭上的说服力。

3. 遵守法庭规则和程序：行政机关应按照法院的要求进行举证和质证，遵守法庭规则和程序，确保诉讼的有序进行。例如，在二审开庭前或开庭审理时提出新证据，并说明逾期提交的理由（如果适用）。

四、法律后果

如果行政机关在二审中提交的新证据被法院采纳，且该证据对案件事实的认定有重大影响，那么法院可能会根据新证据对案件进行重新审理，并作出新的判决。然而，如果行政机关提交的新证据不符合法定条件或程序要求，法院可能会不予采纳，并维持原判或作出其他适当判决。

温馨提示：在行政诉讼中，证据的收集和提交是至关重要的。行政机关应当在一审阶段就充分准备和提交证据，以避免在二审阶段因无法提交新证据而面临不利后果。同时，如果确实存在需要在二审中提交新证据的特殊情况，行政机关应当及时与法院沟通并按照规定程序进行提交。如果您在行政诉讼中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。