针对您提出的“红灯设置在非机动车道且设置位置不明显导致闯红灯罚款是否可以申诉”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，明确结论：虽然红绿灯设置不合理不能直接作为免于处罚的理由，但您完全有权通过合法途径进行申诉和反馈，以争取撤销不合理的处罚。
接下来，我为您详细阐述申诉的具体步骤和注意事项：
一、初步应对措施与证据收集
立即保留证据：
- 在确保自身安全的前提下，拍摄路口的照片或视频，特别是要捕捉到红灯设置不明显或位置不合理的瞬间。这些证据将对您后续的申诉起到关键作用。
- 同时，保留好交通处罚决定书等相关文书，这是您申诉的重要依据。
详细记录情况：
- 记录下具体的路口位置、闯红灯的时间、当时的天气状况以及交通流量等信息。这些信息有助于更全面地描述问题，增加申诉的成功率。
二、向交警部门申诉与反馈
直接向交警部门提出申诉：
- 您可以前往负责管辖该路口的公安交警部门，详细说明红绿灯设置不合理的具体情况，并提供您所收集的证据。
- 交警部门会进行实地调查，如果确认存在设置不合理的问题，他们可能会及时调整信号灯，并考虑撤销您的相关处罚。
拨打交通事故报警服务台“122”：
- 您也可以通过拨打“122”电话，向接线员反映红绿灯设置不合理的问题。请提供详细的路口位置和情况描述，以便接线员能够准确记录并转交给相关部门处理。
- 通常，相关部门会有跟进的回复或调查，您可以保持电话畅通，以便及时了解处理进展。
三、行政复议与行政诉讼（如必要）
申请行政复议：
- 如果您对交警部门的处理结果不满意，可以在知道该具体行政行为之日起60日内，向作出该行为的行政机关的上一级行政机关提出行政复议申请。
- 在提交复议申请书时，请详细说明申请复议的请求、事实和理由，并附上相关证据。
提起行政诉讼：
- 如果行政复议结果仍不能满足您的需求，或者直接选择行政诉讼，您可以在知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，请按照法院的要求提供证据、参加庭审等，并阐述红绿灯设置不合理的观点和依据，请求法院判决相关部门改正不合理设置，并对因闯红灯受到的处罚予以撤销或纠正。
四、了解并遵守法律规定
- 在申诉或反馈的同时，也请您了解并遵守《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定。虽然法律没有将信号灯设置不合理作为例外条件，但合理的申诉和反馈机制为公民提供了解决问题的途径。
- 同时，也要认识到违反道路通行规定可能会受到相应的处罚，因此，在申诉的同时，也要反思自己的行为是否合规。
五、与相关部门沟通协商（可选）
- 对于一些相对较轻的红绿灯设置不合理问题，或者您希望通过较为友好、快捷的方式解决问题的情况，可以尝试与负责红绿灯设置和管理的具体部门（如交通运输局、公安局交通管理部门）进行沟通协商。
- 通过理性、客观的态度向他们反映问题，并提供详细的信息和证据，寻求问题的及时解决。
综上所述，面对因红绿灯设置不合理而导致的闯红灯情况，您应及时采取合适的措施进行申诉和反馈，同时保留好相关证据并了解法律规定。通过合法途径维护自身权益，有望使问题得到妥善解决并撤销不合理的处罚。希望这些解答能够对您有所帮助。