针对您提出的“营运车辆超员公司怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

营运车辆超员的处罚是一个涉及多个方面的综合问题，它不仅关乎驾驶员的个人责任，也涉及到运输公司的管理责任。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，营运车辆超员的处罚措施主要依据超员比例和具体情况来判定，以下是对此问题的详细分析：

一、驾驶员的处罚

1. 超员100%以上：

   • 驾驶员将面临一次性扣12分的严厉处罚。
   • 同时，处以二百元以上五百元以下罚款；若超过额定乘员20%或违反规定载货，则罚款金额将提升至五百元以上二千元以下。
   • 在严重情况下，交通运输主管部门还有权责令驾驶员停止从事相关营运活动。

2. 超员达20%以上但未达100%：

   • 驾驶员同样会被一次性扣12分。
   • 罚款金额为五百元以上二千元以下。
   • 交通运输主管部门也可责令其停止从事相关营运。

3. 超员未达20%：

   • 驾驶员将被一次性扣6分。
   • 罚款金额为二百元以上五百元以下。
   • 交通运输主管部门同样有权责令其停止相关营运。

二、运输公司的责任与处罚

1. 直接责任：

   • 如果运输公司的车辆因超员被处罚，且经处罚后仍不改正，那么对直接负责的主管人员将处以二千元以上五千元以下罚款。这一条款明确指出了运输公司在超员问题上的管理责任。

2. 安全管理责任：

   • 运输公司应建立健全安全管理制度，加强对车辆和驾驶员的管理，确保车辆不超载、不超员。如果因公司管理不善导致超员行为频发，那么公司不仅将面临法律处罚，还可能损害其声誉和业务。

三、综合建议

1. 加强法规学习：

   • 运输公司和驾驶员应加强对交通法规的学习，充分了解超员的危害性和法律责任，从而自觉遵守相关规定。

2. 完善管理制度：

   • 运输公司应建立健全的安全管理制度，明确车辆载客、载货的标准和流程，加强对驾驶员的培训和监督，确保车辆不超载、不超员。

3. 强化安全意识：

   • 驾驶员应时刻牢记安全第一的原则，不为了谋取私利而超员行驶。同时，乘客也应积极监督驾驶员的行为，共同维护道路交通安全。

综上所述，营运车辆超员的处罚是严格的，且涉及驾驶员和运输公司双方的共同责任。为了确保道路交通安全和乘客生命财产安全，运输公司和驾驶员应严格遵守交通法规，共同营造一个安全、有序的交通环境。