借款合同中约定“二年后由保证人还款”的条款是否有效，需分情况讨论，关键在于该约定是否符合法律对保证责任形式的规定。具体分析如下：

1. 若约定属于“一般保证”，则条款有效，但需满足法定条件

根据《民法典》第六百八十七条，一般保证的保证人在主合同纠纷未经审判或仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，有权拒绝向债权人承担保证责任（即“先诉抗辩权”）。
关键点：

• 若借款合同中明确约定“二年后由保证人还款”，且未排除保证人的先诉抗辩权（例如未约定“保证人放弃先诉抗辩权”），则该条款属于一般保证，合法有效。
  
• 但债权人需先向借款人追偿，在借款人无法清偿债务后，才能要求保证人承担责任。若债权人直接起诉保证人，保证人可主张先诉抗辩权。

2. 若约定属于“连带责任保证”，则条款可能因表述模糊而无效或被认定为一般保证

根据《民法典》第六百八十八条，连带责任保证的债务人在主合同规定的债务履行期届满没有履行债务的，债权人可以要求债务人履行债务，也可以要求保证人在其保证范围内承担保证责任。
关键点：

• 若借款合同中仅约定“二年后由保证人还款”，但未明确保证人“放弃先诉抗辩权”或“承担连带责任”，则该条款可能被认定为一般保证（司法实践中倾向于保护保证人权益）。
  
• 若债权人希望保证人承担连带责任，需在合同中明确约定“保证人承担连带责任”或“保证人放弃先诉抗辩权”，否则可能面临举证困难。

3. 若约定违反法律强制性规定或公序良俗，则条款无效

例如：

• 若保证人系无民事行为能力人或限制民事行为能力人，其保证行为无效；
  
• 若借款合同本身因违法（如赌博债务）而无效，则保证条款亦无效；
  
• 若约定“保证人无条件承担全部债务，且债权人无需任何追偿程序”，可能因显失公平或规避法律而被认定无效。

实务建议

1. 明确保证责任形式：在借款合同中清晰约定保证人是“一般保证”还是“连带责任保证”，避免模糊表述。
   
2. 约定保证期间：根据《民法典》第六百九十二条，保证期间需明确约定（未约定的默认为6个月），否则债权人可能丧失追偿权。
   
3. 保留追偿证据：若希望保证人承担责任，需保留向借款人追偿的证据（如催收记录、诉讼文书等），以突破先诉抗辩权。
   

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析风险点。