应付款转法人垫资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法情形
符合公司章程与内部决策程序：
- 如果公司章程或内部决策程序（如股东会、董事会决议）明确允许应付款转为法人垫资，并且该决策程序合法有效，那么这种转换是合法的。
- 例子：公司因资金周转困难，经股东会决议，决定将部分应付款转为法人垫资，以缓解短期资金压力。
双方自愿且意思表示真实：
- 应付款的债权人和法人（作为垫资方）双方自愿达成协议，且意思表示真实，没有欺诈、胁迫等情形，那么这种转换也是合法的。
- 例子：公司与法人之间就某笔应付款达成协议，由法人先行垫付，公司后续再偿还给法人，双方均表示同意并签署了相关协议。
不违反法律法规的强制性规定：
- 应付款转法人垫资的行为，不得违反法律法规的强制性规定，如不得损害国家、集体或第三人的利益，不得违反税收、财务等法规的规定。
- 例子：转换过程中，公司确保了税务申报的合规性，没有利用转换行为逃避税收义务。
二、不合法情形
违反公司章程或内部决策程序：
- 如果公司章程或内部决策程序明确禁止应付款转为法人垫资，或者该决策程序存在瑕疵（如未召开股东会、董事会或决议未达到法定比例等），那么这种转换可能是不合法的。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果应付款的债权人或法人在转换过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方在违背真实意思的情况下达成协议，那么这种转换是不合法的。
损害国家、集体或第三人利益：
- 如果应付款转法人垫资的行为损害了国家、集体或第三人的利益，如通过转换行为逃避债务、转移资产等，那么这种转换也是不合法的。
违反税收、财务等法规的规定：
- 如果转换过程中存在违反税收、财务等法规的规定，如未按规定进行税务申报、财务处理等，那么这种转换同样是不合法的。
三、法律建议
审查公司章程与内部决策程序：
- 在进行应付款转法人垫资之前，应首先审查公司章程和内部决策程序，确保该行为符合相关规定。
签署书面协议：
- 双方应签署书面协议，明确转换的金额、期限、利率（如有）、还款方式等条款，以避免后续纠纷。
确保合规性：
- 在转换过程中，应确保遵守相关法律法规的规定，如税务申报、财务处理等，以避免法律风险。
咨询专业律师：
- 如果对应付款转法人垫资的合法性存在疑问，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律意见。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。