当部门负责人怀孕时，公司应当遵循相关的法律法规，确保她的权益得到充分保护，同时合理安排工作，以保障她的健康和工作效率。以下是一些具体的建议和处理方式：

一、法律法规遵循

根据《女职工劳动保护特别规定》及相关解答，公司应确保：

1. 不降低工资或辞退：不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或解除劳动合同。
2. 调整工作安排：如果怀孕的女职工在孕期不能适应原劳动，公司应根据医疗机构的证明，减轻其劳动量或安排其他能够适应的劳动。
3. 禁止夜班和延长工作时间：对于怀孕7个月以上的女职工，公司不得延长其劳动时间或安排夜班劳动，并应在劳动时间内安排一定的休息时间。
4. 产前检查时间：怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间应计入劳动时间。

二、工作安排与调整

1. 评估工作负荷：与怀孕的女职工沟通，评估其当前的工作负荷和身体状况，共同决定是否需要调整工作职责或工作量。
2. 临时替代安排：如果怀孕的女职工需要减轻工作负担，公司可以考虑安排其他员工临时替代部分工作，或调整工作流程以确保工作的顺利进行。
3. 远程工作或灵活工作时间：根据公司的政策和实际情况，可以考虑允许怀孕的女职工进行远程工作或采用灵活的工作时间安排，以更好地适应其身体状况。

三、健康与安全保障

1. 提供必要的设施：如果公司条件允许，可以为怀孕的女职工提供孕妇休息室等设施，以改善其工作环境。
2. 健康指导与支持：提供健康指导，如建议合理的饮食、休息和锻炼方式，以及必要的心理支持，帮助怀孕的女职工保持良好的身心状态。

四、沟通与关怀

1. 定期沟通：与怀孕的女职工保持定期沟通，了解其身体状况和工作需求，及时提供必要的支持和帮助。
2. 关怀与鼓励：表达对怀孕女职工的关怀和鼓励，让她感受到公司的温暖和支持，增强其归属感和工作积极性。

五、产假与生育津贴

1. 产假安排：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工生育享受98天产假，公司应确保怀孕的女职工能够享受到这一权益。
2. 生育津贴：如果公司参加了生育保险，女职工产假期间的生育津贴应由生育保险基金支付；如果未参加生育保险，则应按照女职工产假前工资的标准由公司支付。

综上所述，当部门负责人怀孕时，公司应遵循相关法律法规，合理安排工作，提供必要的健康与安全保障，加强沟通与关怀，并确保产假与生育津贴的落实。这样不仅能够保护怀孕女职工的权益，还能够维护公司的良好形象和员工关系。