在涉及商业秘密的证据处理上，法院可以采取一系列措施来保护这些敏感信息不被不当使用或泄露。具体来说，根据相关法律实践，如福建厦门中院推行的知产审判保密令制度，法院在处理此类案件时，会采取以下措施：

1. 不公开开庭审理： 对于涉及商业秘密的案件，法院可以根据当事人的申请，决定不公开进行审理。这样做可以避免商业秘密在公开庭审过程中被泄露给无关人员。

2. 保密令制度： 当事人提交的证据如果涉及商业秘密，法院可以根据当事人的申请或依职权，以书面裁定形式作出保密令。保密令会限制或禁止阅读、摘抄或复制这些证据，从而确保商业秘密的安全。

3. 限制证据出示范围： 在公开开庭时，对于涉及商业秘密的证据，法院不会出示。这样做是为了防止商业秘密在庭审过程中被不当使用或公开。

4. 对保密令约束人的规定： 受保密令约束的人（包括当事人、诉讼参与人等）不得将该商业秘密用于诉讼以外的目的，也不得对其他人泄露。这一规定进一步强化了商业秘密的保护。

5. 案卷查阅审批： 作出保密令裁定的案件归档后，有关单位或个人需要查阅案卷的，应由审理该案件的业务庭庭长审批同意。这一措施确保了案卷在归档后的安全性，防止了商业秘密的泄露。

6. 违反保密令的后果： 如果有人违反保密令，将被视为妨碍民事诉讼的行为。法院可以依照民事诉讼法有关妨碍民事诉讼的强制措施的规定，对行为人进行拘留、罚款，情节严重的还可以追究刑事责任。

综上所述，法院在处理涉及商业秘密的证据时，会采取一系列严格而有效的措施来保护这些敏感信息。这些措施不仅体现了法院对商业秘密保护的重视，也确保了诉讼过程的公正性和安全性。如果您作为当事人或相关利益方，在诉讼过程中涉及商业秘密，可以积极向法院申请采取这些保护措施。