面对两人在一起孩子三岁了，但做亲子鉴定孩子不是男方的情况，这确实是一个复杂且敏感的问题，需要从多个角度来分析和处理。
法律角度：
- 亲子关系确认：首先，亲子鉴定结果具有法律效力，如果鉴定结果显示孩子不是男方的，那么从法律上讲，男方与孩子之间不存在亲子关系。这意味着男方在法律上没有抚养孩子的义务，同时也不享有作为父亲的法定权利。
- 婚姻关系影响：如果双方是夫妻关系，这一鉴定结果可能对婚姻关系产生重大影响。女方可能面临婚姻信任危机，甚至可能因此引发离婚诉讼。在离婚诉讼中，亲子鉴定结果将作为重要证据，影响财产分割、子女抚养权归属等问题的判决。
- 抚养费与赔偿：如果男方在不知情的情况下抚养了非亲生子女，他有权要求女方返还已支付的抚养费，并可能要求女方进行精神损害赔偿。这需要根据具体案情和法律规定来判定。
情感与道德角度：
- 情感冲击：对于男方来说，这一鉴定结果无疑是一个巨大的情感打击。他可能需要时间来接受这一事实，并处理由此产生的负面情绪。
- 道德责任：虽然法律上男方没有抚养非亲生子女的义务，但从道德层面讲，如果男方与孩子之间已经建立了深厚的感情，他可能会选择继续承担抚养责任。这取决于男方的个人选择和价值观。
- 沟通与协商：面对这种情况，双方需要坦诚沟通，共同协商解决方案。无论是继续维持婚姻关系还是选择离婚，都需要就孩子的抚养、财产分割等问题达成一致意见。
实际操作建议：
- 保护证据：确保亲子鉴定报告的完整性和真实性，这是后续法律程序中的重要证据。
- 寻求法律帮助：建议双方咨询专业律师，了解各自的权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以根据具体案情提供个性化的法律建议。
- 考虑孩子感受：在处理这一问题的过程中，要充分考虑孩子的感受和需要。尽量减少对孩子的伤害，确保他的生活和学习不受太大影响。
面对这种情况，最重要的是保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于婚姻家庭、离婚财产纠纷领域的律师，我将竭诚为你提供专业的法律服务。