结论：因酒驾被单位扣发两年的所有年终奖金是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、单位规章制度的角度
规章制度合法性：
- 如果单位的规章制度中明确规定了酒驾等违法行为将导致年终奖金的扣发，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），且已向劳动者公示或告知，那么该规章制度是合法的。
- 在此情况下，如果员工因酒驾违反了规章制度，单位依据规章制度扣发年终奖金，可能是合法的。
规章制度合理性：
- 即便规章制度合法，其内容也需合理。如果规章制度中规定的扣发年终奖金的期限过长（如两年），或者扣发比例过高，可能被视为不合理。
- 合理性判断需结合具体情况，如酒驾的严重程度、对单位的影响、员工的过往表现等。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了年终奖金的发放条件、标准以及因违法行为（如酒驾）导致的扣发条款，那么单位依据劳动合同扣发年终奖金是合法的。
- 劳动合同是双方自愿签订的，具有法律约束力，双方应遵守。
劳动合同未约定：
- 如果劳动合同中没有明确约定年终奖金的扣发条款，单位不能仅凭酒驾就扣发年终奖金。
- 在此情况下，单位需依据其他法律法规或规章制度来处理，且需确保处理方式的合法性和合理性。
三、法律法规的角度
劳动法相关规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动报酬的权利，包括年终奖金。
- 单位不得无故克扣或拖欠劳动者的劳动报酬。如果单位要扣发年终奖金，必须有合法、合理的依据。
酒驾的法律后果：
- 酒驾是违法行为，可能受到行政处罚（如罚款、拘留）或刑事处罚（如拘役、有期徒刑）。
- 但酒驾的法律后果并不直接等同于单位可以扣发年终奖金。单位需依据内部规章制度或劳动合同来处理。
四、建议与措施
审查规章制度和劳动合同：
- 员工应首先审查单位的规章制度和劳动合同，了解其中关于年终奖金的发放条件和扣发条款。
与单位协商：
- 如果员工认为单位的扣发行为不合法或不合理，可以与单位进行协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在仲裁或诉讼过程中，员工需提供相关证据来证明单位的扣发行为不合法或不合理。
举例说明：假设某单位规章制度中规定，员工因酒驾被公安机关处罚的，将扣发当年及次年的年终奖金。如果员工因酒驾被处罚，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么单位扣发员工两年年终奖金的行为可能是合法的。但如果规章制度中未规定扣发期限或规定过长，或者劳动合同中未约定相关条款，那么单位的扣发行为可能被视为不合法或不合理。
进一步思考：员工在面对单位扣发年终奖金的情况时，应首先了解自己的权利和义务，以及单位的规章制度和劳动合同内容。如果认为单位的扣发行为不合法或不合理，应积极寻求法律援助，维护自己的合法权益。同时，员工也应遵守法律法规和单位规章制度，避免违法行为的发生。
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