结论前置：信用社贷款逾期是否会扣除信用社的存款，需分情况讨论，具体如下：

1. 若贷款合同或存款协议中有明确约定
   若您在签订贷款合同时，与信用社约定了“自动扣款”条款（例如授权信用社在贷款逾期时直接划扣关联账户存款），或存款账户本身是作为贷款的担保账户（如质押存款），则信用社有权根据合同约定直接扣除存款以偿还逾期贷款。
   法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。若合同中明确约定了扣款条件，信用社的行为具有合法性。

2. 若合同无明确约定，但存款与贷款账户关联
   若贷款合同未约定扣款条款，但您的存款账户与贷款账户为同一账户（或信用社通过内部系统可操作划扣），信用社可能以“抵销权”为由扣款。但需满足以下条件：

   • 双方互负债务（您欠信用社贷款，信用社欠您存款）；
     
   • 债务均已到期；
     
   • 债务标的物种类、品质相同（均为货币）；
     
   • 信用社需通知您并给予合理期限。
     风险提示：若信用社未经合法程序直接扣款，可能构成侵权，您可要求返还并主张赔偿。

3. 若存款与贷款无关联，且无合同约定
   若您的存款账户与贷款账户完全独立，且贷款合同未约定扣款条款，信用社无权直接扣除存款。此时，信用社需通过法律途径（如起诉、申请强制执行）追讨逾期贷款，法院可查封、冻结您的存款，但需经过司法程序。
   法律依据：根据《商业银行法》第29条，商业银行办理个人储蓄存款业务，应遵循“存款自愿、取款自由”原则，除法律另有规定外，不得扣划存款。

建议：

• 立即查看贷款合同条款，确认是否有扣款约定；
  
• 若信用社已扣款且您认为不合法，可要求其出具扣款依据，或向当地银保监会投诉；
  
• 若面临逾期，建议主动与信用社协商还款计划，避免法律纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。