结论前置：非法经营罪中，没收财产的处罚通常是在法院判决阶段，针对情节特别严重的犯罪行为作出的。这一处罚并非在侦查、审查起诉等前期阶段进行，而是作为最终刑罚的一部分，在法院审理并认定犯罪事实后决定是否适用。

详细分析

1. 没收财产的法律依据与条件：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，非法经营罪在情节特别严重的情况下，可能面临五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。这里的“情节特别严重”通常指的是有组织地进行大规模非法经营活动，或者非法经营行为造成了极其恶劣的社会影响和经济损失。
   • 没收财产作为一种严厉的刑罚措施，其适用必须严格符合法律规定的条件，即犯罪行为必须达到情节特别严重的程度。

2. 没收财产在刑事诉讼流程中的阶段：

   • 在刑事诉讼流程中，没收财产并非在侦查、审查起诉等前期阶段进行。侦查阶段，公安机关主要任务是收集证据、查明犯罪事实；审查起诉阶段，检察机关则对案件进行审查，决定是否提起公诉。
   • 没收财产的处罚是在法院判决阶段作出的。法院在审理案件时，会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及被告人的悔罪表现等因素，来决定是否适用没收财产的刑罚。

3. 没收财产的具体适用情况：

   • 没收财产可以是部分没收，也可以是全部没收，具体由法院根据案件的具体情况进行裁量。例如，如果非法经营所得巨大，且对社会造成了严重危害，法院可能会决定没收全部或部分财产。
   • 在实际司法实践中，没收财产的适用相对谨慎，通常针对那些情节特别严重、社会危害性极大的犯罪行为。

4. 法律建议与警示：

   • 鉴于非法经营罪的严厉处罚措施，包括可能面临的没收财产风险，我建议所有企业和个人严格遵守国家法律法规，不从事任何形式的非法经营活动。
   • 如果已经涉嫌非法经营，应尽快寻求法律帮助，了解自身法律责任和风险，并积极配合相关部门的调查和处理工作。在诉讼过程中，也可以积极提出辩护意见，争取减轻或免除没收财产的处罚。

举例说明

假设某企业未经许可，非法经营烟草制品，且涉案金额巨大，造成了严重的市场混乱和公众健康问题。在法院审理阶段，如果认定该企业的行为构成非法经营罪，且情节特别严重，那么法院可能会决定对该企业处以五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。这里的没收财产就可能是针对该企业非法经营所得的全部或部分财产。

总结：非法经营罪中，没收财产的处罚是在法院判决阶段，针对情节特别严重的犯罪行为作出的。为避免这一严厉处罚，企业和个人应严格遵守国家法律法规，合法合规地进行经营活动。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。