确权证合同有涂改不一定无效，其效力需根据具体情况判断。以下分情况详细说明：

1. 双方协商一致后的涂改：如果确权证合同在签订后，双方当事人经过协商一致，对合同中的某些条款进行了涂改，并且这种涂改是在双方自愿、平等的基础上进行的，同时涂改后的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种涂改是有效的。涂改后的合同内容对双方当事人具有法律约束力，双方应当按照涂改后的合同履行各自的义务。例如，双方在合同履行过程中，因实际情况发生变化，经协商一致对合同中的履行期限、履行方式等条款进行了涂改，并签字或盖章确认，这种涂改就是有效的。
2. 单方擅自涂改：如果确权证合同中的涂改是一方当事人未经对方同意，擅自进行的，那么这种涂改是无效的。因为合同是双方当事人意思表示一致的产物，单方擅自涂改合同内容，破坏了合同的完整性和双方当事人的意思表示一致性，损害了对方的合法权益。在这种情况下，涂改部分的内容对对方不产生法律约束力，合同仍然按照原条款执行。如果因单方擅自涂改合同给对方造成损失的，涂改方还应当承担赔偿责任。例如，一方当事人为了自身利益，擅自涂改合同中的价格条款，这种涂改就是无效的，对方有权要求按照原合同价格履行。
3. 涂改后未签字或盖章确认：即使双方协商一致对确权证合同进行了涂改，但如果涂改后双方未在涂改处签字或盖章确认，那么这种涂改的效力可能会受到影响。因为签字或盖章是确认合同内容变更的重要方式，未签字或盖章确认的涂改，难以证明双方对涂改内容达成了一致意见。在这种情况下，如果发生纠纷，法院可能会根据实际情况，结合其他证据来判断涂改的效力。如果无法证明双方对涂改内容达成了一致意见，那么涂改部分的内容可能不会被认定为有效。

建议：在签订确权证合同时，双方应当尽量确保合同内容的准确性和完整性，避免涂改。如果确实需要对合同内容进行变更，应当经过双方协商一致，并在涂改处签字或盖章确认，以确保合同的效力。如果遇到确权证合同涂改方面的纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律解答。