当员工个人申请工伤时，公司需要从多个方面进行配合，以确保工伤处理的顺利进行并保障员工的合法权益。以下是一些具体的配合措施：

一、及时救治与初步处理

1. 采取紧急救治措施：员工发生工伤时，公司应立即采取措施使工伤职工得到及时救治，这是公司的首要责任。

2. 保护事故现场：在可能的情况下，公司应保护好事故现场，以便后续的调查和核实工作。

二、工伤认定申请

1. 按时提交工伤认定申请：根据《工伤保险条例》的规定，公司应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如遇特殊情况，需经社会保险行政部门同意后，可适当延长申请时限。

2. 准备并提交相关材料：在提交工伤认定申请时，公司需要准备并提交一系列材料，包括但不限于劳动、聘用合同文本复印件、医疗机构出具的受伤后诊断证明书等。这些材料是工伤认定的重要依据。

三、协助事故调查核实

1. 配合社会保险行政部门的调查：社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，可能会对事故伤害进行调查核实。公司应积极配合，提供必要的协助，如安排相关人员接受询问、提供事故现场照片或视频等。

2. 承担举证责任：如果员工或其近亲属认为是工伤，而公司不认为是工伤的，根据规定，公司需要承担举证责任。这意味着公司需要提供充分的证据来证明其观点，否则社会保险行政部门将根据员工提供的证据或调查取得的证据作出工伤认定决定。

四、劳动能力鉴定配合

1. 提出劳动能力鉴定申请：在员工伤情相对稳定后，如果存在残疾或影响劳动能力的情况，公司应及时向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。

2. 提供鉴定所需材料：在劳动能力鉴定过程中，公司需要如实提供鉴定需要的材料，如工伤认定决定、职工工伤医疗的有关资料等。

3. 遵守鉴定规定：公司应遵守劳动能力鉴定的相关规定，按照要求配合鉴定工作，如安排员工按时参加鉴定、提供必要的协助等。

五、支付相关费用与待遇

1. 支付停工留薪期工资：在员工暂停工作接受工伤医疗期间，公司应按月支付其原工资福利待遇不变。

2. 承担护理费用：如果员工生活不能自理且在停工留薪期需要护理的，公司应负责安排护理或承担护理费用。

3. 支付伤残津贴与就业补助金：根据员工的伤残等级和劳动合同情况，公司可能需要支付伤残津贴或一次性伤残就业补助金等费用。

六、其他配合事项

1. 公示工伤保险情况：公司应将参加工伤保险的有关情况在本单位内公示，以增强员工的知情权和监督权。

2. 遵守安全生产与职业病防治法规：公司应遵守有关安全生产和职业病防治的法律法规，预防工伤事故发生，减少和避免职业病的危害。

综上所述，当员工个人申请工伤时，公司需要从多个方面进行配合，包括及时救治、工伤认定申请、协助事故调查核实、劳动能力鉴定配合、支付相关费用与待遇以及其他配合事项等。这些措施有助于保障员工的合法权益，促进工伤处理的顺利进行。