违规侵占集体资源收益的计算需结合侵占行为性质、资源类型、实际损失及法律规定综合判定，具体分为以下几种情形：

1. 收益计算的核心原则

根据《民法典》第286条、第287条及《刑法》第271条（职务侵占罪）相关规定，违规侵占集体资源收益的计算需以实际损失填补和违法所得追缴为原则，具体包括：

• 直接收益：侵占行为直接产生的经济利益（如出售集体资源所得、租赁收入等）；
• 间接收益：因侵占行为导致的集体资源贬值、机会成本损失（如土地闲置导致的开发收益损失）；
• 孳息与增值：侵占期间资源产生的自然孳息（如农作物、矿产）或法定孳息（如利息、租金）。

2. 不同场景下的收益计算方式

（1）民事侵权场景

若侵占行为未构成犯罪，集体组织可依据《民法典》第179条要求侵占者返还收益并赔偿损失：

• 返还范围：侵占者实际获得的全部收益（包括已分配给第三方的部分，若第三方明知侵占事实需连带返还）；
• 赔偿范围：集体资源被侵占期间的合理使用收益（如参照市场租金计算土地占用费）。

示例：甲私自占用集体林地种植果树，收益计算需包括：

• 果树产出果实的市场价值；
• 林地若未被侵占时可获得的租赁收入。

（2）行政违法场景

若侵占行为违反《土地管理法》《森林法》等行政法规，行政机关可责令退还资源并没收违法所得，同时处以罚款：

• 违法所得计算：以侵占者实际获取的经济利益为准（如非法开采矿产的销售收入）；
• 罚款标准：通常为违法所得的1-5倍（具体比例由地方性法规规定）。

（3）刑事犯罪场景

若侵占行为构成职务侵占罪（《刑法》第271条）或贪污罪（《刑法》第382条），收益计算需以犯罪数额为准：

• 职务侵占罪：数额较大（6万元以上）处3年以下有期徒刑；数额巨大（100万元以上）处3-10年有期徒刑；
• 贪污罪：数额较大（3万元以上）处3年以下有期徒刑；数额特别巨大（300万元以上）处10年以上有期徒刑或无期徒刑。

犯罪数额计算：

• 包括直接侵占的财物价值及通过侵占行为间接获得的经济利益；
• 若资源已部分消耗或毁损，需按市场价值折算赔偿。

3. 收益计算的实务要点

• 证据固定：需通过审计报告、合同、转账记录等证明侵占收益的具体金额；
• 第三方评估：对资源价值、孳息等难以直接计算的部分，可委托专业机构评估；
• 共同侵占处理：若多人共同侵占，需按各自份额划分责任（主犯从重处罚）。

提示：具体案件需结合地方性法规、资源类型及侵占方式综合判定，建议提供详细案情后进一步分析。