结论：停掉已打卡超出的工资发放是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若工资计算无误且符合约定或规定，无故停发可能不合法；若存在计算错误或特殊约定，则可能合法。以下为详细分析：

一、工资发放的基本原则

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，工资的发放应当遵循合同约定和法律规定，不得随意克扣或停发。

二、打卡工资超出的可能情况

1. 计算错误：可能是由于工资计算过程中的疏忽或错误，导致实际打卡工资超出了应发工资。在这种情况下，如果用人单位发现错误后，与劳动者协商一致，可以停发超出部分的工资，或者在下一个月的工资中进行抵扣。但必须确保这一过程是合法、合规且经过劳动者同意的。

2. 特殊约定：如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定，在特定情况下（如超额完成任务、获得奖励等）会发放额外工资，但随后又因某种原因（如任务未完成、奖励条件变更等）需要停发或调整，那么这种停发可能是合法的。但同样需要确保这些约定或规定是合法、合规且经过劳动者明确知晓并同意的。

3. 无故停发：如果打卡工资超出并无合理原因，且用人单位未经劳动者同意就擅自停发超出部分的工资，那么这种行为可能是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定和国家规定支付劳动报酬，并可以依法维护自己的合法权益。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：如果用人单位无故停发工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁、提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的工资及可能的经济补偿金。

2. 建议：

   • 对于用人单位：在停发工资前，应当与劳动者进行充分沟通，解释停发的原因和依据，并确保这一过程合法、合规。如果可能的话，最好与劳动者签订书面协议，明确双方的权利和义务。
   • 对于劳动者：如果发现自己的工资被无故停发，应当及时与用人单位沟通，了解停发的原因。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或依法申请劳动仲裁、提起诉讼，以维护自己的合法权益。

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