结论：运行“上6休2”的工作制度是否违反劳动法，需根据具体情况判断，若每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时，且能保障劳动者休息权，则不违法；反之则可能违法。以下从不同角度详细分析：

一、从工作时间角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。如果“上6休2”的工作制度下，劳动者每日工作时间不超过8小时，且平均每周工作时间也不超过44小时，那么这种工作制度在工作时间方面是符合法律规定的。

然而，如果每日工作时间超过8小时，或者平均每周工作时间超过44小时，那么这种工作制度就违反了劳动法的规定。在这种情况下，用人单位需要支付加班费或者安排补休，以保障劳动者的合法权益。

二、从休息权角度分析

除了工作时间外，劳动者的休息权也是劳动法保护的重要内容。根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条的规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。在“上6休2”的工作制度下，劳动者每周有2天的休息时间，这看似满足了法律的要求。

但是，我们还需要考虑劳动者的实际休息情况。如果这2天的休息时间被安排得过于紧凑，或者劳动者在休息期间仍然需要处理工作事务，那么劳动者的休息权就可能受到侵害。此外，如果用人单位在劳动者休息期间安排加班，且未支付加班费或安排补休，那么也违反了劳动法的规定。

三、特殊工时制度的考虑

在某些特殊情况下，用人单位可能实行不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度。这些制度需要经过劳动行政部门的批准，并符合相关的法律规定。如果“上6休2”的工作制度属于这些特殊工时制度的一部分，且已经得到了劳动行政部门的批准，那么这种工作制度在合法性方面可能没有问题。

但是，即使实行特殊工时制度，用人单位也需要保障劳动者的休息权和健康权。如果特殊工时制度导致劳动者长期处于高强度工作状态，或者无法得到充分的休息和恢复，那么这种制度就可能违反劳动法的精神。

四、实际操作中的建议

1. 核实工作时间：劳动者应核实自己的每日和每周工作时间，确保不超过法律规定的上限。
2. 保障休息权：用人单位应合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者能够得到充分的休息和恢复。
3. 了解特殊工时制度：如果用人单位实行特殊工时制度，劳动者应了解该制度的具体内容和要求，并确保自己的权益得到保障。
4. 及时维权：如果劳动者发现自己的权益受到侵害，应及时向用人单位提出异议，并寻求法律援助或向劳动行政部门投诉。

最后，每个用人单位的具体情况可能有所不同，因此“上6休2”的工作制度是否违法还需根据具体情况进行判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。