在我国法律框架下，若女方在怀孕期间起诉离婚而男方不同意，法院通常会以保护妇女和胎儿权益为原则，优先调解；若调解无效且女方坚持离婚，法院会综合考量双方感情是否确已破裂等因素，决定是否准予离婚。以下是具体分析：

1. 法律对怀孕期间离婚的特殊规定
   根据《民法典》第1082条，女方在怀孕期间、分娩后一年内或终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但女方提出离婚或法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。

   • 若女方主动起诉离婚，法律并未禁止，法院会依法受理。
     
   • “确有必要”的情形通常包括：女方存在重大过错（如出轨、虐待）、胎儿非男方亲生等极端情况，但实践中认定标准严格。

2. 男方不同意离婚时的处理流程

   • 调解优先：法院受理案件后，会先行调解，尝试促成双方和解或达成离婚协议。若调解成功，可出具调解书；若调解失败，进入审理阶段。
     
   • 审理重点：法院会重点审查双方感情是否确已破裂（如分居时间、矛盾根源、是否有家暴或出轨等证据）。若女方能证明感情破裂（如男方长期冷漠、拒绝承担抚养责任），法院可能判决离婚；反之则可能驳回请求。
     
   • 胎儿权益保护：若判决离婚，法院会一并处理子女抚养问题。怀孕期间胎儿未出生，通常暂不涉及抚养权，但会要求男方支付孕期必要费用（如产检费、营养费），并在胎儿出生后明确抚养责任。

3. 实务建议

   • 收集证据：女方需准备证明感情破裂的证据（如聊天记录、录音、证人证言等），以及男方未履行抚养义务的证据（如拒绝支付费用、不关心孕期生活等）。
     
   • 明确诉求：在起诉状中清晰写明离婚原因、财产分割请求（如有）及孕期费用承担要求，便于法院审理。
     
   • 心理准备：若法院首次未判离，可在判决生效后6个月再次起诉（需有新情况或新理由），此时法院准予离婚的可能性会提高。

总结：怀孕期间女方起诉离婚，男方不同意不会直接阻碍程序，但法院会谨慎处理。关键在于女方能否证明感情破裂，并充分保障胎儿权益。若有具体证据或情况需要分析，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的建议。