在男女双方不知情的情况下有了孩子，一方通常不可以单方面直接申请做亲子鉴定，但在特定条件下可以单方面启动亲子鉴定程序。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般情况下的亲子鉴定启动
在普通的民事关系中，亲子鉴定通常需要双方的同意。因为亲子鉴定涉及到个人隐私和身份关系的确认，不是单方面可以决定的事情。如果一方想要进行亲子鉴定，而另一方不同意，那么在没有其他法律依据的情况下，单方面进行亲子鉴定可能会面临法律上的障碍。
二、特定条件下的单方面亲子鉴定启动
涉及诉讼且法院认为有必要：
- 在涉及婚姻家庭纠纷的诉讼中，如果一方提出亲子鉴定的申请，并且法院认为有必要进行亲子鉴定以查明事实真相，那么法院可以委托相关的鉴定机构进行亲子鉴定。
- 在这种情况下，即使另一方不同意，如果法院认为亲子鉴定对于案件的审理至关重要，也可以强制进行。但这种情况通常需要严格的法律程序和证据支持。
存在特殊情况：
- 如果一方有合理的理由怀疑孩子的亲子关系，并且这种怀疑有初步的证据支持（如孩子的出生记录、血型不符等），那么在一些情况下，法律可能允许单方面启动亲子鉴定程序。
- 但这种情况下的“合理理由”和“初步证据”需要达到一定的标准，并且最终是否进行亲子鉴定还需要法院或相关机构的判断。
三、法律建议与注意事项
尊重对方意愿：
- 在考虑进行亲子鉴定时，应首先尊重对方的意愿和隐私。如果对方不同意进行亲子鉴定，应尝试通过沟通、协商等方式解决问题，而不是单方面采取行动。
寻求法律帮助：
- 如果确实存在亲子关系方面的疑问或纠纷，并且无法通过协商解决，建议寻求专业的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律建议，并帮助你了解在法律框架内如何解决问题。
注意证据收集：
- 如果决定进行亲子鉴定，应注意收集相关的证据和材料，如孩子的出生证明、血型记录等。这些证据和材料可能对于亲子鉴定的结果和后续的法律程序产生重要影响。
了解法律后果：
- 在进行亲子鉴定之前，应充分了解可能的法律后果。如果亲子鉴定结果不符合预期，可能会对家庭关系、财产分割等方面产生重大影响。因此，在做出决定之前应谨慎考虑。
如果你在婚姻家庭方面遇到类似问题或有其他疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。