邻居在自己家屋顶养狗是否违法需分情况讨论，具体处理方式需结合实际情况判断：

1. 若养狗行为违反地方性法规或管理规约，则构成违法
   根据《中华人民共和国民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若邻居在屋顶养狗导致噪音扰民、卫生问题（如排泄物污染屋顶或公共区域）、安全隐患（如狗只坠落伤人或破坏屋顶结构），则可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》第七十五条关于“饲养动物干扰他人正常生活”的规定，或违反地方性法规中关于宠物饲养的具体要求（如《XX市养犬管理条例》中关于饲养场所、卫生管理的限制）。
   处理方式：

   • 协商解决：首先与邻居沟通，明确指出其行为对自身生活的影响（如噪音、卫生、安全），要求其采取整改措施（如限制狗只活动范围、清理排泄物、加固屋顶防护设施）。
     
   • 投诉举报：若协商无果，可向物业、居委会或街道办反映，由其依据管理规约或地方性法规进行调解；若涉及治安问题（如狗只伤人风险），可直接向公安机关报案。
     
   • 诉讼维权：若行为已造成实际损害（如屋顶漏水需维修、人身健康受损），可依据《民法典》第一千一百六十五条关于侵权责任的规定，向法院起诉要求邻居停止侵害、赔偿损失。

2. 若养狗行为未违反法律法规或管理规约，但影响相邻权，则需通过协商或调解解决
   若邻居在屋顶养狗未违反地方性法规（如未超出饲养数量限制、已办理养犬登记），但因狗只活动产生噪音、异味等影响相邻权，则属于民事纠纷范畴。此时需依据《民法典》第二百三十六条关于“排除妨害请求权”的规定，要求邻居消除影响。
   处理方式：

   • 协商优先：通过友好沟通，建议邻居采取降噪措施（如安装隔音垫）、定期清理卫生、限制狗只活动时间等。
     
   • 第三方调解：若协商困难，可申请物业、居委会或人民调解委员会介入，通过调解协议明确双方权利义务。
     
   • 法律途径：若调解无果且影响持续，可向法院提起相邻权纠纷诉讼，要求邻居停止侵害行为。

建议行动步骤：

1. 收集证据：记录狗只活动时间、噪音分贝（可通过手机分贝测试APP）、卫生问题照片或视频，以及与邻居沟通的记录（如微信、录音）。
   
2. 确认地方性法规：查询所在城市关于养犬管理的具体规定（如饲养场所限制、卫生要求），判断邻居行为是否违规。
   
3. 优先协商或投诉：根据证据和法规，选择与邻居协商、向物业投诉或向公安机关报案。
   
4. 诉讼准备：若需通过法律途径解决，可进一步咨询我，明确诉讼策略及证据清单。
   

如有具体细节（如狗只数量、是否办理登记、已造成何种损害），可向我补充说明，以便提供更精准的法律建议。