车辆被摩托车扣留并不必然导致需要缴纳1000元罚款，具体是否罚款及罚款金额需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 摩托车是否有权扣留车辆
   根据《民法典》及相关法律规定，任何个人或单位均无权私自扣留他人财物，除非基于法律明确授权（如公安机关依法扣押）。若摩托车驾驶人因纠纷（如交通事故赔偿争议）私自扣留您的车辆，该行为本身涉嫌违法，您有权要求返还车辆并追究其侵权责任。此时，您无需因“被扣车”而缴纳罚款，反而可要求对方赔偿因扣车造成的损失。

2. 若因违法行为被行政处罚
   若您或摩托车驾驶人存在违法行为（如无证驾驶、酒驾、肇事逃逸等），公安机关交通管理部门可能依法对违法行为人处以罚款。但罚款金额需严格依据《道路交通安全法》及地方实施细则确定，例如：

   • 无证驾驶摩托车可能面临200-2000元罚款（《道路交通安全法》第99条）；
   • 酒后驾驶机动车可能面临1000-2000元罚款（《道路交通安全法》第91条）。
     罚款对象是违法行为人，而非车辆本身。若您未违法，无需承担罚款；若您违法，罚款金额需由执法部门根据具体情节裁定，而非固定为1000元。

3. “扣车”与“罚款”的关联性
   若车辆因违法行为被公安机关依法扣留（如未悬挂号牌、未携带驾驶证等），扣留是行政强制措施，罚款是行政处罚，二者可能并存但无必然因果关系。例如：

   • 车辆因未年检被扣留，同时可能因“驾驶未按规定定期进行安全技术检验的机动车”被处200元罚款（《道路交通安全法》第90条）；
     
   • 但若车辆扣留是因对方违法行为（如对方肇事逃逸），您作为无过错方无需缴纳罚款。

建议行动：

1. 确认扣车主体：若为个人私自扣留，立即报警并要求返还车辆；
   
2. 若为公安机关扣留，要求出具《行政强制措施凭证》，明确扣留原因及法律依据；
   
3. 对罚款决定有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。