针对您提出的“农村土地被收回确权证怎么办”的问题，这主要涉及到农村土地承包经营权证的收回情形及其处理方式。以下是我为您详细梳理的解答：
首先，农村土地承包经营权证的收回，通常与土地承包经营权的灭失、变更或特定法律情形的出现密切相关。在多种法定情形下，发包方有权或必须收回承包地及对应的权证。
一、承包方全家迁入设区的市并转为非农业户口
若您全家在承包期内迁入设区的市，并转为非农业户口，根据《农村土地承包法》的相关规定，您应当将所承包的耕地和草地交回给发包方。若您不主动交回，发包方有权利收回这些土地，并随之收回农村土地承包经营权证。但在此过程中，如果您因对承包地的投入而提高了土地生产能力，您有权获得相应的补偿。
二、承包地被依法征收
当国家为了公共利益需要，依法对农村集体土地进行征收时，您的土地承包经营权将随之终止。在此情况下，农村土地承包经营权证也将被相关部门收回并注销。这是为了保障国家公共利益的需要，同时也是法律规定的程序。
三、承包方自愿交回承包地
在承包期内，如果您因个人原因决定不再经营承包地，可以提前半年以书面形式通知发包方，并自愿将承包地交回。一旦交回，您在承包期内将不得再要求重新承包土地，且发包方将收回您的农村土地承包经营权证。
四、承包地灭失
若您的承包地因自然灾害等不可抗力因素导致永久性无法用于农业生产，如山体滑坡、泥石流等灾害导致土地被掩埋，土地承包经营权将相应消灭。此时，农村土地承包经营权证也将被收回。这是由于土地已经无法恢复耕种，承包经营权自然也随之灭失。
五、承包方死亡且无继承人
在承包期内，若您家庭成员全部死亡，且没有其他合法继承人继续承包土地，发包方有权收回承包地及对应的农村土地承包经营权证。这是为了保障土地资源的合理利用和避免土地闲置。
六、其他导致土地承包经营权灭失的情形
除上述情形外，还包括但不限于土地承包经营权的期限届满未续期等其他情况。在这些情形下，由于土地承包经营权已经不存在，因此相关的权证也会被收回。
处理建议：
了解具体情形：首先，您需要了解自己的土地承包经营权证被收回的具体原因，是否符合上述法定情形之一。
咨询专业人士：如果您对收回原因有疑问或认为自己的权益受到侵害，建议咨询专业的法律人士或机构，以获取更详细的法律意见和帮助。
配合处理：在确认收回原因后，您应积极配合发包方或相关部门的工作，按照法定程序办理土地承包经营权证的收回手续。
关注补偿问题：如果因收回土地而给您带来经济损失，如提高了土地生产能力但未获得补偿等，您有权向相关部门提出补偿申请。
总之，农村土地承包经营权证的收回是基于多种法定情形的出现。在实际操作中，建议您了解具体情形、咨询专业人士、配合处理并关注补偿问题，以确保自身权益得到妥善处理。