关于车辆在黄灯时已过斑马线但停车的处罚问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们要明确的是，黄灯在交通信号中起到的是一个过渡和警示的作用，它提示驾驶员需要准备停车，但并未完全禁止通行。

一、基本法律原则

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。这意味着，如果您的车辆在黄灯亮起时已经越过了停止线，那么即使您停在了斑马线上，从法律的角度来看，您并不构成违章，因此通常不会被罚款。但此时，您应尽快驶离斑马线，以避免影响其他车辆和行人的正常通行。

二、具体处罚情况分析

1. 不被处罚的情形：

   • 如果您的车辆在黄灯亮起时因距离斑马线较近而无法及时通过，选择停在斑马线上，并且没有继续移动或妨碍其他车辆、行人通行，那么这种情况一般不会被处罚。
   • 如果您是因为遇到突发紧急情况（如前方突然出现行人或车辆），为避免碰撞而不得不停在斑马线上，且经核实后，这种情况也是可以免于处罚的。

2. 可能被处罚的情形：

   • 如果您的车辆在黄灯亮起时车身已越过停止线并停在斑马线上，但在红灯亮起后又继续行驶通过路口，那么这种情况通常会被认定为闯红灯，您将面临相应的处罚，如罚款和扣分。
   • 如果您的车辆停在斑马线上影响了其他车辆或行人的正常通行，造成了交通拥堵或安全隐患，即使是在黄灯时停车，也可能被认定为违法行为，并受到警告或罚款等处罚。

三、建议与注意事项

• 作为驾驶员，在行驶过程中应严格遵守交通规则，确保行车安全。在黄灯亮起时，应谨慎判断，避免盲目冲抢，以防发生交通事故。
• 如果您的车辆在黄灯亮起时停在斑马线上，应尽快观察周围情况并驶离，以免影响其他车辆和行人的通行。
• 如果您对处罚有疑问或不满，可以依法向相关部门提出申诉或复议。

综上所述，车辆在黄灯时已过斑马线但停车是否会被处罚，主要取决于车辆的具体行为、位置以及对交通秩序的影响。因此，驾驶员在行驶过程中应时刻保持警惕，遵守交通规则，确保行车安全，并在遇到相关情况时合理应对。