公务员长期病假超过两年后，根据不同情况，处理方式有所不同，具体如下：

1. 医疗期满后的处理：

   • 根据《公务员法》及相关规定，公务员因病需要长期休假的，会享受一定期限的医疗期。医疗期满后，如果公务员仍然不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位有权根据规定解除劳动合同，但需要提前三十日以书面形式通知公务员本人，并按照相关规定支付经济补偿。
   • 经济补偿的标准通常根据公务员的工作年限和工资水平来确定，具体计算方式需参照当地的相关规定。

2. 病假期间的工资待遇：

   • 在病假期间，公务员的工资待遇会受到一定影响。具体来说，病假在两个月以内的，基本工资全额发放；病假超过两个月不满六个月的，从第三个月起，工作年限不满十年的，发给本人基本工资的90%，工作年限满十年的，基本工资全额发放；病假超过六个月的，从第七个月起，工作年限不满十年的，发给本人基本工资的70%，工作年限满十年及十年以上的，发给本人基本工资的80%。
   • 需要注意的是，这些规定可能因地区和单位的不同而有所差异，具体需参照当地的相关规定和单位的具体政策。

3. 病假期间的职务晋升与考核：

   • 长期病假可能会影响公务员的职务晋升和年度考核。在职务晋升方面，由于病假期间公务员无法正常履行职责，因此可能会错过晋升机会或影响晋升的评定。
   • 在年度考核方面，病假期间的公务员可能无法参与正常的考核流程，或者其考核结果可能受到病假的影响。具体来说，如果病假时间较长，可能会影响其考核等次的评定，甚至可能导致不称职等后果。

4. 病假期间的社保与公积金：

   • 在病假期间，公务员的社保和公积金缴纳通常不会受到影响。单位会继续按照相关规定为公务员缴纳社保和公积金，确保其社保和公积金权益不受损害。
   • 但需要注意的是，如果公务员的病假时间过长，且单位按照相关规定解除了劳动合同，那么其社保和公积金的缴纳可能会受到影响。此时，公务员需要及时了解自己的社保和公积金状况，并采取相应的措施来保障自己的权益。

建议：

• 如果公务员长期病假超过两年，建议及时与单位沟通，了解自己的医疗期、工资待遇、职务晋升、年度考核以及社保和公积金等方面的具体情况。
• 同时，公务员也可以咨询当地的人力资源和社会保障部门或相关机构，获取更详细和准确的信息和指导。
• 如果公务员认为自己的权益受到了侵害，可以通过法律途径来维护自己的权益。