电子合同保存的最低年限是二年。这一规定主要依据的是《中华人民共和国劳动合同法》中关于劳动合同保存期限的规定。具体来说，用人单位对已经解除或者终止的电子劳动合同的文本，至少应当保存二年备查。这一规定同样适用于电子合同，因为电子合同在法律上具有与纸质合同同等的法律效力。

在实际操作中，考虑到电子数据的特殊性和易篡改性，建议用人单位在保存电子合同时，采取必要的措施确保电子合同的真实性和完整性，比如使用可靠的电子签名、可信时间戳等技术手段，以确保电子合同在保存期间内的法律效力和证明力。

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