要证明股东出资存在瑕疵，首先需要明确股东出资瑕疵的定义及其主要表现形式，再结合这些表现形式来收集和整理相关证据。以下是对这一问题的详细解答：
一、股东出资瑕疵的定义
股东出资瑕疵是指股东在出资过程中未按照法律或公司章程的规定履行出资义务，这包括完全未履行和不适当履行两种情况。出资瑕疵不仅影响公司的正常运营和发展，还可能损害其他股东的合法权益。
二、股东出资瑕疵的主要表现形式及证明方法
出资义务不履行
拒绝出资：
- 表现形式：股东在公司设立协议或认股协议生效后，明确表示拒绝按规定出资。
- 证明方法：收集公司设立协议、认股协议、股东会决议等文件，以及股东拒绝出资的书面或口头证据（如邮件、短信、录音等）。
虚假出资：
- 表现形式：股东表面上出资，但实际上并未真实投入资金或财产，如提交虚假的验资报告、银行进账单等。
- 证明方法：核查验资报告、银行进账单等文件的真实性，必要时可请求银行或相关机构出具证明，或委托专业机构进行审计。
抽逃出资：
- 表现形式：股东在公司成立后，暗中将其所缴纳的出资抽回，但仍保留股东身份和原有出资数额。
- 证明方法：审查公司财务记录、银行流水等，查找资金异常流动的证据，如虚构债权债务关系转出出资、制作虚假财务会计报表虚增利润进行分配等。
出资不能：
- 表现形式：因客观条件变化，股东无法履行出资义务，如特定物灭失、土地使用权存在权利瑕疵等。
- 证明方法：收集相关客观证据，如自然灾害证明、土地使用权权属证明等，以证明股东无法履行出资义务的原因。
出资义务不适当履行
出资时间不适当：
- 表现形式：股东未按公司章程规定的出资期限履行出资义务，或提前出资。
- 证明方法：核查公司章程规定的出资期限，以及股东实际出资的时间记录。
出资标的不适当：
- 表现形式：股东以无权处分的财产、不符合法律规定的财产或非货币出资价值不实进行出资。
- 证明方法：核查出资财产的权属证明、评估报告等文件，以证明出资标的的合法性和价值。
出资比例不适当：
- 表现形式：股东的出资额未达到公司章程规定的比例要求。
- 证明方法：核查公司章程规定的出资比例，以及股东实际出资的数额和比例。
出资程序有问题：
- 表现形式：出资手续不齐全、不合法，或未按照约定的方式和程序完成出资。
- 证明方法：核查出资过程中的相关文件和手续，如出资协议、验资报告、工商变更登记等，以证明出资程序的合法性和完整性。
三、法律后果及应对措施
一旦证明股东出资存在瑕疵，公司、其他股东及债权人可采取一系列措施来维护各自权益。这包括催缴与补缴出资、限制股东权利、解除股东资格（针对有限责任公司）、追究违约责任、股权受让与出资填补、请求补充赔偿责任、债务加速到期等。在严重情况下，出资瑕疵还可能触犯刑法构成犯罪，需依法追究刑事责任。
四、建议
在处理股东出资瑕疵问题时，建议公司、其他股东及债权人注重收集和整理相关证据，必要时可咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。同时，应加强对股东出资的监管和管理，及时发现并纠正出资瑕疵行为，以确保公司的健康发展和股东的合法权益。