您好，关于您提出的“父母有案底孩子还要入团吗”的问题，这主要涉及到的是入团资格与家庭背景的关系。

首先，我们需要明确的是，入团是一个基于个人政治觉悟、思想品质、学习表现等多方面因素的综合考量过程。它并不直接受父母是否有案底的影响。入团的标准主要是看申请者本人是否符合团组织的要求，包括是否认同团组织的宗旨、是否愿意遵守团的章程、是否在学习、工作、生活中表现出积极向上的态度等。

从您提供的参考信息中，我们可以看到，在征兵的政治考核中，虽然家庭成员的某些行为（如危害国家安全、参加非法组织等）可能会影响应征青年的政治考核结果，但这并不等同于入团的考核标准。入团并没有如此严格的政治背景审查要求。

此外，昌吉市的教育政策也表明，农民工子女和当地学生在入队入团等方面享受同等的教育资源，这进一步说明了入团并不受家庭背景（包括父母是否有案底）的限制。

因此，如果您的孩子符合入团的基本条件，且在学习、生活等方面表现出色，那么他/她完全有资格申请入团。父母的案底并不会成为孩子入团的障碍。当然，最终是否能够入团，还需要经过团组织的审核和批准。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。