乡镇农贸市场给承包商来改造成商铺，这一行为是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、土地性质与规划许可

1. 土地性质：

   • 若乡镇农贸市场所占用的土地为集体建设用地，且符合当地土地利用总体规划和城乡规划，那么将其改造为商铺在土地性质上可能是合法的。但需确保改造行为不违反土地用途管制制度，即未将农用地转为建设用地进行非农建设。
   • 若土地性质为农用地，则未经依法批准，不得擅自改变其用途用于非农建设，包括改造为商铺。

2. 规划许可：

   • 改造行为需取得当地城乡规划部门的规划许可，包括建设工程规划许可证等。未经许可擅自进行改造，可能构成违法建设。

二、承包合同与约定

1. 合同内容：

   • 承包商与乡镇农贸市场管理方或所有权人签订的承包合同中，应明确约定改造的范围、方式、用途等。若合同中明确允许承包商将农贸市场改造成商铺，且改造行为符合合同约定，则该行为在合同层面可能是合法的。
   • 若合同中未明确约定或约定禁止改造为商铺，则承包商擅自进行改造可能构成违约。

2. 合同效力：

   • 承包合同需依法签订，内容合法有效。若合同存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定），则合同中的相关约定可能无法产生法律效力。

三、相关法律法规与政策

1. 法律法规：

   • 改造行为需遵守《土地管理法》、《城乡规划法》、《建筑法》等相关法律法规的规定。违反这些法律法规的规定进行改造，可能面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 政策导向：

   • 当地政府可能出台有关于乡镇农贸市场改造、升级的政策文件。改造行为需符合这些政策导向，以获得政策支持和优惠。

四、实际操作建议

1. 核实土地性质与规划许可：

   • 在改造前，承包商应核实乡镇农贸市场所占用的土地性质，并取得当地城乡规划部门的规划许可。

2. 审查承包合同：

   • 承包商应仔细审查与乡镇农贸市场管理方或所有权人签订的承包合同，确保改造行为符合合同约定。

3. 咨询当地政府部门：

   • 在改造前，承包商可咨询当地土地、规划、建设等政府部门，了解改造行为是否符合当地政策和法律法规的规定。

4. 办理相关手续：

   • 若改造行为合法且符合合同约定，承包商应按照相关规定办理土地、规划、建设等手续，确保改造行为的合法性和合规性。

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