当施工单位未办理施工许可证而擅自施工时，监理单位作为工程监督的重要角色，需要采取一系列综合性措施来应对，并可能面临一定的法律后果。以下是对此问题的详细解答：
一、监理单位应采取的措施
前期沟通与督促：
- 监理单位在发现施工单位未办理施工许可证后，应立即与其进行沟通，了解具体原因，并明确强调施工许可证的必要性和紧迫性。
- 若口头沟通无果，监理单位应书面发出监理通知单，明确要求施工单位在限定时间内补办施工许可证，并告知逾期不办的严重后果。
施工管控与风险防范：
- 如施工单位未在规定期限内办理施工许可证，监理单位应指令其暂停所有施工活动，特别是可能引发法律风险的非关键部分。
- 在等待施工许可证办理期间，监理单位需加强对施工现场的安全监管，增加巡查频率，确保施工单位采取有效安全防护措施。
报告与协调：
- 监理单位应及时向建设单位报告施工单位未办理施工许可证的情况，说明潜在风险和对工程进度的影响，建议建设单位积极督促。
- 监理单位可协助施工单位整理申请材料，提供办理施工许可证的咨询服务。若施工单位拒不整改，监理单位应立即向建设行政主管部门报告，履行法定职责。
法律应对与自我保护：
- 监理单位应妥善保存所有与要求施工单位办理施工许可证相关的证据，包括监理通知单、会议纪要、往来函件、现场照片等，以备未来可能的法律纠纷。
- 若施工单位长期拖延不办施工许可证，且经多次沟通和督促仍无改善，监理单位可根据监理合同和相关法律法规，考虑解除监理合同，并按规定程序操作，书面通知相关方。
二、施工单位未办理施工许可证的法律后果
责令改正与停工：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，相关主管部门一旦发现存在未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工的情况，将首先责令建设单位立即改正，即要求其尽快补办施工许可证等相关手续。
- 同时，对不符合开工条件的会要求停止一切施工活动，直至取得合法的施工许可。
罚款：
- 对建设单位处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款。若建设单位有违法所得，罚款金额可能更高，甚至达到违法所得的五倍。
- 对施工单位也将处以相应罚款，具体数额根据情节轻重而定，但通常不超过3万元。
特殊情形的加重处罚：
- 若建设单位采用欺骗、贿赂等不正当手段取得施工许可证，原发证机关将撤销施工许可证，并责令其停止施工。此时，对建设单位的罚款额度将提高至工程合同价款的2%以上4%以下。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
其他处理措施：
- 除了经济处罚外，相关主管部门还可能给予单位和相关责任人警告、通报批评等其他处理措施。
后续影响：
- 未办理施工许可证的建筑项目，在后续的工程竣工验收环节可能会遭遇严格审查，甚至可能被拒绝验收。
- 建设单位和施工单位的违法行为将被记录在案，进入不良信用名单，对其未来参与建筑工程项目的投标、融资等活动产生负面影响。
三、总结与建议
监理单位在面对施工单位未办理施工许可证的情况时，应坚决履行监理职责，通过前期沟通、施工管控、报告协调以及法律应对等多方面措施，及时制止违法行为，维护工程建设的合法性和规范性。同时，建议所有建设单位和施工单位在建筑施工前务必确保已经取得了合法的施工许可证，以避免不必要的法律风险和损失。相关部门也应加强监管力度，确保建筑施工活动的合法性与规范性。