针对您提出的“二类医疗器械未消毒，生产企业应如何处罚”的问题，这实际上涉及到的是生产企业未经许可或未按照规定进行生产活动的情形，虽然直接的问题表述是“未消毒”，但核心在于生产过程的合规性。根据《医疗器械监督管理条例》及相关规定，若二类医疗器械生产企业存在未经许可从事生产活动，或者生产过程不符合规定（包括未消毒等可能影响产品质量和安全性的环节），将面临以下处罚：
一、行政处罚措施
没收违法所得及物品：
- 负责药品监督管理的部门将没收违法所得，以及违法生产经营的医疗器械和用于违法生产经营的工具、设备、原材料等物品。
罚款：
- 若违法生产经营的医疗器械货值金额不足1万元，将并处5万元以上15万元以下罚款；
- 若货值金额1万元以上，将并处货值金额15倍以上30倍以下罚款。
情节严重时的额外处罚：
- 责令停产停业；
- 10年内不受理相关责任人以及单位提出的医疗器械许可申请；
- 对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款；
- 终身禁止其从事医疗器械生产经营活动。
二、处罚流程
立案责任：
- 发现涉嫌违法行为后，负责药品监督管理的部门将予以审查，并决定是否立案。
调查责任：
- 对立案的案件，指定专人负责，及时组织调查取证。执法人员不得少于两人，调查时应出示执法证件，听取当事人辩解陈述并作记录。
审查责任：
- 审查案件调查报告，对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，并提出处理意见。
告知责任：
- 在作出行政处罚决定前，制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。符合听证规定的，还将制作《行政听证告知书》。
决定责任：
- 制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。
送达与执行责任：
- 行政处罚文书将按照法定方式送达当事人，并依照生效的行政处罚决定书执行相应的行政处罚。
三、追责情形
若行政机关在实施行政处罚过程中存在没有法定依据、擅自改变处罚种类或幅度、违反法定程序等情形，将对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分；情节严重构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
综上所述，二类医疗器械生产企业若存在未消毒等违规生产行为，将面临严厉的行政处罚。因此，建议生产企业严格遵守相关法律法规和规定，确保生产过程的合规性和产品质量的安全性。