在股权变更时，自然人股东登记表上应填写变更后的信息，而非变更前的信息。以下是对此问题的详细解释：
一、股权变更的法律含义
股权变更，指的是公司股东之间或者股东向股东以外的其他人转让其全部或者部分股权的行为。这种变更会导致公司股东结构、股权比例等发生变化，因此需要进行相应的登记和公示，以确保公司信息的透明度和准确性。
二、自然人股东登记表的作用
自然人股东登记表是公司登记机关用于记录公司自然人股东基本信息的重要文件。它包含了股东的姓名、身份证号码、出资额、股权比例等关键信息。在股权发生变更时，及时更新这些信息对于维护公司登记的准确性和合法性至关重要。
三、股权变更时自然人股东登记表的填写要求
填写变更后的信息：当股权发生变更时，自然人股东登记表上应填写变更后的股东信息，包括新的股东姓名、身份证号码（如发生变更）、出资额、股权比例等。这是为了确保公司登记信息与实际情况相符，避免因信息不一致而引发的法律纠纷。
提交相关证明材料：在填写变更后的信息时，通常还需要提交相关的证明材料，如股权转让协议、股东会决议、公司章程修正案等。这些材料是证明股权变更合法性和有效性的重要依据，也是公司登记机关进行审核和登记的必要条件。
四、未及时更新自然人股东登记表的法律后果
如果公司在股权变更后未及时更新自然人股东登记表，可能会导致以下法律后果：
公司登记信息不准确：这会影响公司信息的透明度和准确性，可能对公司信誉和形象造成负面影响。
法律纠纷风险增加：未及时更新登记信息可能导致股东之间的权益纠纷，甚至可能引发法律诉讼。例如，如果原股东在股权变更后仍被登记为股东，而实际上其已不再享有股东权益，那么原股东可能会因此遭受不必要的法律风险。
行政处罚风险：根据相关法律法规的规定，公司未按照规定办理变更登记的，可能会面临行政处罚的风险。这包括罚款、责令改正等处罚措施。
五、建议
为了确保公司登记的准确性和合法性，避免不必要的法律纠纷和风险，我建议公司在股权变更后及时更新自然人股东登记表，并提交相关的证明材料。同时，公司还应加强内部管理，建立健全的股权变更登记制度，确保股权变更的合法性和有效性。
如果您在股权变更或公司登记方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。