被起诉的营业执照原则上可以注销，但需谨慎处理，并满足一定条件，否则可能面临法律风险。以下是对此问题的详细分析：

一、法律允许注销的情况与步骤

从行政程序的角度看，市场监督管理部门在办理营业执照注销时，主要审查申请材料是否齐全、是否符合法定形式。若公司或店铺符合注销条件且提交了所需材料，理论上是可以申请注销的。通常注销营业执照的步骤包括：

1. 成立清算组：对公司或店铺的债权债务进行清算，确保所有债务得到妥善处理。
2. 登报公告：通知债权人申报债权，确保债权人的知情权。
3. 完成税务注销：取得税务清税证明，确保税务方面的合规性。
4. 提交注销申请：向市场监督管理部门提交注销申请及清算报告等相关材料。
5. 核准注销：市场监督管理部门核准后，收缴营业执照正副本，完成注销程序。

二、不建议注销的原因及法律风险

然而，在实际操作中，若公司或店铺在被起诉期间注销营业执照，可能面临以下法律风险：

1. 恶意逃避债务风险：若在明知可能被判决承担法律责任的情况下注销营业执照，法院可能会认定此为恶意逃避债务行为。此时，债权人不仅可通过法律途径追究原公司或店铺经营者的个人责任，还可能引发更严重的法律后果。
2. 诉讼主体资格问题：营业执照注销后，公司或店铺的法律主体资格消灭，这将对正在进行的诉讼程序造成困扰。原告可能需要变更被告为原公司或店铺经营者，执行阶段也可能转为对个人财产的执行，增加了诉讼的复杂性和不确定性。
3. 强制措施与刑事责任：在诉讼期间注销营业执照，法院有权采取一系列强制措施，如冻结银行账户、查封财产等。在极端情况下，甚至可能因逃避法律责任而被追究刑事责任。

三、综合建议

面对公司或店铺被起诉的情况，建议采取以下对策：

1. 积极应对诉讼：首先应积极准备诉讼材料，参与诉讼过程，争取有利判决。
2. 沟通协商：如需注销营业执照，应事先与债权人、法院等相关方进行沟通协商，确保不会因注销而影响诉讼的进行或引发新的纠纷。例如，可以与债权人达成债务清偿协议，确保债务得到妥善处理后再进行注销。
3. 依法履行判决：无论诉讼结果如何，都应依法履行判决或裁定，避免不必要的法律麻烦。若确实需要注销营业执照，应确保在注销前已妥善处理所有债务和法律纠纷。

总结来说，虽然被起诉的营业执照在理论上可以注销，但考虑到法律风险和诉讼的复杂性，建议谨慎处理。若确需注销，应先与债权人协商解决诉讼纠纷，或待诉讼终结后再行申请。同时，在注销过程中应严格遵守相关法律法规，确保清算工作的全面性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。