结论：几十年前院坝修在排水沟上，现在是否可申请赔偿，需视具体情况而定，包括侵权行为是否持续、是否造成实际损害、是否超过诉讼时效等因素。以下从不同角度进行分析：
一、侵权行为是否持续
若侵权行为持续至今：
- 如果院坝修建在排水沟上的行为一直持续，且该行为对排水沟的功能造成了持续性的影响（如排水不畅、积水等），那么这可能构成持续性的侵权行为。
- 在此情况下，你可以考虑向侵权方（如院坝的修建者或使用者）主张赔偿，要求其承担因侵权行为造成的损失。
若侵权行为已停止：
- 如果院坝修建在排水沟上的行为已经停止多年，且没有证据表明该行为对排水沟造成了持续性的损害，那么可能难以直接主张赔偿。
- 但如果后续因该行为导致了其他损害（如排水沟堵塞导致周边房屋受损），且该损害与之前的侵权行为有因果关系，那么仍有可能主张赔偿。
二、是否造成实际损害
有实际损害：
- 如果院坝修建在排水沟上的行为导致了排水沟的功能受损，进而造成了实际损害（如房屋受损、土地积水等），那么你可以主张赔偿。
- 赔偿的范围通常包括因侵权行为造成的直接损失和间接损失，如修复排水沟的费用、因积水导致的农作物损失等。
无实际损害：
- 如果院坝修建在排水沟上的行为没有导致任何实际损害，那么可能难以主张赔偿。
- 在此情况下，即使侵权行为存在，但由于没有造成实际损失，因此赔偿的请求可能得不到支持。
三、诉讼时效问题
诉讼时效期间：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。
- 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
诉讼时效中断与延长：
- 如果在诉讼时效期间内，你向侵权方提出了赔偿请求，或者采取了其他法律措施（如起诉、申请仲裁等），那么诉讼时效可能会中断并重新计算。
- 在某些特殊情况下，如权利人因不可抗力等原因无法行使请求权，诉讼时效可能会延长。
超过诉讼时效的后果：
- 如果超过了诉讼时效期间，且没有诉讼时效中断或延长的情形，那么你可能丧失了向人民法院请求保护民事权利的权利。
- 但在此情况下，你仍可以尝试与侵权方进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
四、建议与行动
收集证据：
- 无论是否主张赔偿，你都应尽可能收集与院坝修建在排水沟上相关的证据，如照片、视频、证人证言等。
- 这些证据将有助于你证明侵权行为的存在、实际损害的发生以及诉讼时效的起算点等。
咨询专业律师：
- 由于侵权损害赔偿案件涉及复杂的法律问题和事实认定，因此建议你咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 律师将根据你的具体情况和证据材料，为你制定合适的诉讼策略或协商方案。
考虑协商与诉讼：
- 在收集到足够证据后，你可以考虑与侵权方进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
- 如果协商无果或侵权方拒绝赔偿，你可以向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
最后，几十年前院坝修在排水沟上现在是否可申请赔偿，需根据具体情况进行判断。如果你认为自己的权益受到了侵害，建议尽快收集证据并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。