违约金比例的计算基数，既可能是实际付款金额，也可能是合同总金额，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同约定优先

在合同纠纷中，合同是双方当事人意思自治的体现，因此，合同中关于违约金计算基数的约定具有优先效力。如果合同中明确约定了违约金是按照实际付款金额计算，或者按照合同总金额计算，那么应当按照合同中的约定来执行。

举例说明：

• 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同总金额为100万元，但约定违约金按照实际付款金额的10%计算。如果甲方实际支付了80万元，那么违约金就是8万元（80万×10%）。
• 如果合同中约定违约金按照合同总金额的10%计算，那么无论甲方实际支付了多少，违约金都是10万元（100万×10%）。

二、法律法规的补充规定

如果合同中没有明确约定违约金的计算基数，或者约定不明确，那么就需要依据相关法律法规的规定来确定。在《中华人民共和国民法典》等相关法律法规中，并没有直接规定违约金必须按照实际付款金额还是合同总金额计算，而是强调了违约金的合理性原则，即违约金应当与违约造成的损失相当。

法律分析：

• 在这种情况下，法院或仲裁机构在裁决时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益等因素，来确定违约金的合理数额。
• 如果实际付款金额与合同总金额相差较大，且违约行为主要影响了实际付款部分，那么按照实际付款金额计算违约金可能更为合理。
• 如果违约行为影响了整个合同的履行，且合同总金额能够更准确地反映违约造成的损失，那么按照合同总金额计算违约金可能更为恰当。

三、实际操作中的建议

1. 明确合同约定：在签订合同时，双方应当尽可能明确违约金的计算基数和比例，以避免后续纠纷。
2. 考虑合理性原则：在约定违约金时，应当考虑违约造成的实际损失，确保违约金的数额既不过高也不过低。
3. 寻求法律帮助：如果合同中没有明确约定违约金，或者对违约金的计算有争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，违约金比例的计算基数取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。在签订合同时，双方应当明确约定违约金的计算基数和比例；如果合同中没有明确约定，则需要依据法律法规的规定和实际情况来确定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。