在申请客运线路公示期收到异议时，处理流程应当严谨且符合相关法律法规的规定。以下是一个详细的处理步骤指南：

一、接收异议

首先，确保在公示期内（如泸州市交通运输局的公示期为5个工作日）接收到的所有异议都有书面记录，并附上异议人的联系方式。这是为了后续能够与异议人进行有效沟通，并核实其异议内容。

二、初步审查异议内容

对接收到的异议进行初步审查，判断其是否属于合理且与客运线路申请直接相关的范畴。例如，异议可能涉及线路的安全性、对当地交通的影响、与其他线路的重复性等。对于明显无关或无理的异议，可以不予进一步处理，但应记录在案。

三、通知申请单位

将收到的合理异议以书面形式通知申请客运线路的单位，要求其在规定期限内（如5个工作日内）提交书面答复或补充材料。这一步骤是为了确保申请单位有机会对异议进行回应，并提供必要的解释或证据。

四、组织审查会议或听证

根据异议的复杂性和重要性，可以组织审查会议或听证会，邀请异议人、申请单位以及相关专家或利益相关方参加。在会议或听证会上，各方可以充分陈述自己的观点和证据，以便更全面地了解异议的实质和申请单位的回应。

五、作出处理决定

在综合考虑所有相关证据和陈述后，根据相关法律法规和政策规定，作出是否批准客运线路申请的决定。如果决定批准，应明确批准的具体条件和要求；如果决定不批准或要求修改申请，应详细说明理由和依据。

六、通知处理结果

将处理决定以书面形式通知申请单位和异议人，并说明决定的理由和依据。如果决定涉及修改申请或重新提交材料，应明确修改的要求和提交期限。

七、监督执行与后续跟进

确保申请单位按照处理决定的要求执行，并在必要时进行后续跟进和监督。如果申请单位未按照决定执行或存在其他违规行为，应依法采取相应的处罚措施。

示例参考：

以泸州市交通运输局为例，如果在公示期内收到关于某条客运线路的异议，该局会按照上述步骤进行处理。首先接收并记录异议内容，然后通知申请单位提交答复或补充材料。接着，根据需要组织审查会议或听证会，最后根据审查结果作出处理决定并通知相关方。

总之，处理客运线路公示期收到的异议需要遵循严谨、公正、透明的原则，确保所有相关方的权益得到充分保障。