在我国现行的劳动法体系下，公司直接对员工进行罚款是违法的。罚款作为行政处罚的一种，其执行主体仅限于国家行政机关和经授权的事业单位，企业并不具备对员工进行罚款的法定权力。这一点在《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等主要劳动法律中均有明确体现。

然而，这并不意味着公司完全不能对员工进行任何形式的经济扣减。在特定情况下，如员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但这种扣减必须遵循严格的法律规定，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

此外，公司还可以通过制定合法有效的规章制度来管理员工。这些规章制度必须经过民主程序制定，如职工代表大会讨论、与工会协商等，并确保内容不违反法律法规。当员工违反这些规章制度时，公司可以按规定进行相应处理，如扣减绩效奖金等。但这些措施必须确保合法且合理，不能侵犯员工的合法权益。

对于公司而言，合法管理员工的替代方式包括制定并执行合理的规章制度、与员工签订经济赔偿协议等。这些方式既能够维护公司的正常生产经营秩序，又能够保障员工的合法权益。

如果公司违法对员工进行罚款，员工有权向劳动保障监察部门投诉举报，要求公司支付被克扣的工资，并可能获得赔偿金。员工还可以通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。劳动仲裁的期限通常为60天，员工可在此期间收集证据并与公司协商解决争议；若对仲裁结果不满，可进一步提起诉讼。

综上所述，公司直接对员工进行罚款是违法的，但可通过合法合理的方式进行经济扣减。公司应遵守法律法规，制定合法的规章制度来管理员工，同时员工也应了解自己的权益保护途径，以确保双方的合法权益得到妥善维护。