针对您提出的“一年三次超限，第二年超载两次怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。
首先，我们需要明确超限和超载是两个不同的概念，但它们都违反了道路交通安全和运输管理的相关规定。超限通常指的是车辆或货物的尺寸、重量等超过了规定的限制，而超载则是指车辆装载的货物重量超过了其核定的载质量。
对于一年内三次超限的情况：
根据《公路安全保护条例》的相关规定，一年内违法超限运输超过三次的，将面临严厉的处罚措施。这包括：
对货运车辆的处罚：吊销车辆营运证，意味着该车辆将失去合法从事经营性道路货物运输的资格。
对货运车辆驾驶人的处罚：责令停止从事营业性运输，并处以1万元以下的罚款。若情节严重，还将依法吊销其从业资格证件。
对道路运输企业的处罚：如果货运源头单位或道路运输企业一年内为超三次违法超限运输的货运车辆装载、配载，将被责令改正，并处以2万元以上5万元以下的罚款。若道路运输企业一年内违法超限运输的货运车辆超过本单位货运车辆总数的10%，还将被责令停业整顿，情节严重的，吊销道路运输经营许可证。
对于第二年超载两次的情况：
超载的处罚则主要依据《道路交通安全法》及相关条例进行，具体处罚措施会根据超载的严重程度和当地交通管理部门的规定而定。一般来说，超载的处罚包括：
罚款：根据超载的比例，罚款金额会有所不同。超载未达30%的，可能处二百元以上五百元以下罚款；超载30%以上未达50%的，可能处五百元以上二千元以下罚款；超载50%以上的，罚款金额可能更高。
扣分：超载行为还会导致驾驶证扣分，扣分标准也根据超载的比例而定。
加重处罚：对于一年内多次超载的，处罚力度会相应加大，可能包括罚款金额的翻倍、吊销营运证、责令停业整顿等。
综合处罚建议：
由于您的情况涉及一年内三次超限和第二年两次超载，这很可能被视为重复违法且情节严重。因此，除了上述针对超限和超载的单独处罚外，您还可能面临更严厉的联合处罚，如更长时间的停业整顿、更高额度的罚款，甚至吊销道路运输经营许可证等。
总结与建议：
超限和超载行为不仅违反了法律法规，更对道路交通安全构成了严重威胁。因此，我强烈建议您严格遵守相关法律法规，加强内部管理，杜绝超限和超载行为的发生。同时，也建议您积极与当地交通管理部门沟通，了解具体的处罚情况和整改要求，以便及时采取措施进行整改和避免更严重的法律后果。