不动产登记机构错误导致登记与原始实体关系不一致，起诉是否受20年时效限制，需分情况讨论：
一般情况下的诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织如果直接向人民法院提起诉讼，应当自知道或者应当知道作出行政行为（即房产登记错误）之日起六个月内提出。这里的“知道或者应当知道”通常指当事人明确知晓房产登记行为存在且可能侵犯其合法权益的时机。例如，当事人通过查询房产管理部门得知登记信息有误时，即开始计算这六个月的诉讼时效。
最长保护期限（20年）的适用：
- 对于因不动产（如房产）提起的诉讼，自行政行为作出之日起超过二十年的，人民法院将不予受理。这意味着，即使当事人一直未知晓房产登记错误，但从该错误登记发生之日起算，超过二十年后再提起诉讼，法院将不会受理。这一规定是为了维护法律秩序的稳定性和确定性，避免长期悬而未决的法律关系。
特殊时效规定与中断情况：
- 经过复议的情况：如果当事人不服行政复议决定，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。若复议机关逾期不作决定，申请人则可在复议期满之日起十五日内提起诉讼。
- 时效中断：在诉讼时效期间内，如果当事人向行政机关提出了纠正房产登记错误的请求，那么从提出请求时起，诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间将重新计算。
- 非自身原因导致的超期：如果由于不属于起诉人自身的原因导致超过起诉期限，被耽误的时间不计算在起诉期间内。例如，因人身自由受到限制而不能提起诉讼的，被限制人身自由的时间不计算在起诉期间内。
未告知起诉期限的情况：
- 如果行政机关在作出具体行政行为时未告知起诉期限，起诉期将从当事人知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但这一延长后的期限最长不得超过两年，并且仍需在知道或应当知道行政行为之日起的六个月内提出。
法律建议：
- 如果您发现不动产登记机构错误导致登记与原始实体关系不一致，应尽快查询相关房产登记信息，确认错误登记的存在，并计算诉讼时效。
- 在诉讼时效期间内，及时向行政机关提出纠正请求或直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
- 如果因特殊原因导致超过起诉期限，应收集相关证据证明非自身原因导致超期，以便在诉讼中争取有利地位。
总结：不动产登记机构错误导致登记与原始实体关系不一致时，起诉是否受20年时效限制取决于多种因素。在一般情况下，诉讼时效为六个月；但在特殊情况下，如超过二十年未提起诉讼，则法院将不予受理。因此，建议您在发现错误登记后尽快采取行动，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。