在工伤认定期内，考勤的计算和处理确实需要结合具体情形以及相关的法律法规来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：

一、停工留薪期内的考勤处理

法律依据： 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

处理方式：

1. 考勤标记：在此阶段，考勤应标记为“工伤停工”，以明确员工的状态。
2. 工资支付：单位不得按缺勤扣减员工的工资，且需正常缴纳社保公积金等法定福利。
3. 停工留薪期延长：若停工留薪期超过12个月仍需治疗，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长期限一般不超过12个月。

二、医疗期满后的考勤处理

复工要求： 停工留薪期满后，员工应及时返岗工作或者配合进行劳动能力鉴定。这是员工的义务，也是单位恢复生产秩序的需要。

旷工认定： 若员工未按时复工也未申请延期，单位可以依据内部的规章制度进行处理。若员工无正当理由拒不参加劳动能力鉴定或者逾期不归，单位可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动关系，但在此之前需履行书面通知工会等法定程序。

三、特殊情形的考勤处理

争议处理： 如果员工对工伤认定结果有异议，可以通过行政复议或者诉讼的方式来解决。在此期间，单位应继续按原待遇发放工资，考勤可以暂记为“待工伤确认”，以体现对员工权益的尊重和保护。

证据留存： 为了应对可能出现的争议和纠纷，建议单位建立专项台账，记录工伤员工的考勤异动情况，包括医疗证明、鉴定通知书、沟通记录等材料。这些材料可以作为后续处理的合法依据，有助于维护单位的合法权益。

综上所述，工伤认定期内的考勤处理需要遵循相关的法律法规，并结合具体情况进行综合判断。单位应确保员工的合法权益得到保障，同时也要维护自身的生产秩序和合法权益。