关于“上班迟到扣调休假是否合法”的问题，结论需视具体情况而定，主要取决于用人单位规章制度的合法性、合理性以及是否侵犯劳动者权益。以下从不同角度详细分析：

1. 规章制度未履行民主程序或未公示告知

   • 不合法：根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、休假等），需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若规章制度未经此程序制定，或未向劳动者公示告知，则迟到扣调休假的规定无效，劳动者有权拒绝执行。
   • 举例：若公司未召开职工大会讨论迟到扣假规定，也未在公告栏或内部系统公示，劳动者可主张该规定不合法。

2. 扣假规定显失公平或侵犯休息权

   • 不合法：若迟到几分钟即被扣除较长时间的调休假（如迟到5分钟扣1小时假），或因频繁扣假导致劳动者无法保证基本休息，则违反公平原则及《宪法》《劳动法》中关于劳动者休息权的规定，属于违法行为。
   • 法律依据：根据《劳动法》第三十八条，劳动者享有休息休假的权利，用人单位不得随意剥夺。

3. 规章制度合法且劳动者事先同意

   • 合法：若用人单位的规章制度经过民主程序制定并公示告知，且扣假规定合理（如迟到1小时扣30分钟假），同时劳动者在入职时或工作过程中自愿签署协议同意此规定，则迟到扣调休假可能被视为合法。
   • 关键点：需有明确的书面协议或劳动者签字确认的规章制度作为证据，证明劳动者自愿接受扣假条款。

4. 扣假导致工资低于最低工资标准

   • 不合法：无论何种情况，劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若因迟到扣调休假导致工资降低至此标准以下，用人单位需补足差额，否则构成违法。
   • 计算公式：若月工资因扣假低于最低工资标准，用人单位应支付差额=当地最低工资标准-实际发放工资。

实际应用中的建议：

• 对用人单位：确保规章制度合法合理，履行民主程序并公示告知；扣假规定需公平，避免过度剥夺劳动者权益；保留劳动者同意扣假的书面证据。
• 对劳动者：了解自身权益，关注公司规章制度；若认为扣假不合法，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；保留迟到记录、扣假通知等证据。

总结：上班迟到扣调休假是否合法，需综合判断规章制度的制定程序、公示情况、扣假合理性及是否侵犯劳动者权益。若您遇到此类问题，可进一步向我咨询具体细节，我将根据您的实际情况提供专业法律建议。